应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】
31/1返回列表
查看: 5122  |  回复: 17
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhangguangping

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】已有8人参与

想请教一下关于siesta中关于几何结构的优化的问题。
我怎么感觉用siesta做几何结构的优化没有高斯做的快。一般siesta都要经过一百多个step都不一定达到收敛。
并且发现用算出来的结果与高斯差别还比较大。
我算了一个分子siesta的输入文件如下：
--------------------------
SystemName    saifen-saizuo-H-opt
SystemLabel   saifen-saizuo-H-opt

NumberOfSpecies   4
NumberOfAtoms 42

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   1    H
  2   6    C   
  3   7    N
  4   16   S      
%endblock ChemicalSpeciesLabel


PAO.EnergyShift       200 meV

PAO.BasisType    split   
     
PAO.BasisSize    DZP

LatticeConstant   1.0 Ang

%block LatticeVectors
15.0000000    0.00000000    0.00000000
0.00000000   10.0000000     0.00000000
0.00000000    0.00000000   25.00000000
%endblock LatticeVectors


#kgrid_cutoff                        20. Ang   
                             
%block kgrid_Monkhorst_Pack  
  1   0   0    0.0           
  0   1   0    0.0           
  0   0   1    0.0           
%endblock kgrid_Monkhorst_Pack

# SPIN options

xc.functional         GGA             # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE             # Exchange-correlation version
SpinPolarized         F               # Logical parameters are: yes or no
FixSpin               F
TotalSpin             0.0   
NonCollinearSpin                   F                       # 'T', 'F'
MeshCutoff                               200. Ry                  # Equivalent plane wave cutoff for the grid


# SCF options

DM.Tolerance          1.d-4         # Tolerance in maximum difference between input and output DM
MaxSCFIterations       300          # Maximum number of SCF iter
DM.UseSaveDM           T            # to use continuation files
DM.MixingWeight       0.02          # New DM amount for next SCF cycle
DM.NumberPulay         5
DM.MixSCF1                               F
DM.PulayOnFile                           F                         # Store in memory ('F') or in files ('T')
# NeglNonOverlapInt                 T             # 'F'=do not neglect
SolutionMethod        Diagon         # OrderN or Diagon
ElectronicTemperature  300 K          # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           CG            # Type of dynamics:
MD.VariableCell        F
MD.NumCGsteps          300           # Number of CG steps for coordinate optimization
ZM.UnitsLength          Ang           #the units of length used during Z-matrix input  
ZM.UnitsAngle          deg           #the units of angles used during Z-matrix input
ZM.ForceTolLength      0.02 eV/Ang   #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix lengths
ZM.ForceTolAngle       0.00356549 Ry/rad     #controls the convergence with respect to forces on Z-matrix angles
ZM.MaxDisplLength      0.1  Ang      # controls the maximum change in a Zmatrix length during an optimisation step
ZM.MaxDisplAngle       0.003 rad     # controls the maximum change in a Z-matrix angle during an optimisation step
ZM.CalcAllForces       T             # Default value


AtomicCoordinatesFormat Ang
%block Zmatrix                                                               
cartesian   
4                  0.00000000    0.00000000    8.69856200    1    1    1
1                  2.79923100   -0.46763800    8.13385400    1    1    1
2                  2.90063000   -0.52770100    7.04924300    1    1    1
2                  0.34415200   -0.25541200    6.98170600    1    1    1
1                  3.55796100    0.28012400    6.70996600    1    1    1
1                  3.38635700   -1.47357500    6.78696500    1    1    1
2                  1.56838000   -0.42941000    6.36930700    1    1    1
4                 -0.92122000   -0.17834500    5.76910800    1    1    1
3                  1.52283300   -0.52028000    5.00070500    1    1    1
2                  0.29993900   -0.41643300    4.52384000    1    1    1
1                 -2.83689100   -0.98969500    3.67082200    1    1    1
1                 -2.60465800    0.75764900    3.54380400    1    1    1
2                  0.01218400   -0.49963400    3.11140100    1    1    1
2                 -2.54877600   -0.18404700    2.98541300    1    1    1
2                 -1.18154200   -0.40783200    2.40697100    1    1    1
1                 -3.27468500   -0.14681500    2.17135800    1    1    1
4                  1.34009400   -0.76146500    1.99675300    1    1    1
3                 -1.06208200   -0.53880900    1.05048000    1    1    1
2                  0.18555700   -0.72949500    0.67526300    1    1    1
1                  2.72911400   -1.21416700   -0.60926300    1    1    1
2                  0.58352000   -0.89442100   -0.70453700    1    1    1
2                  1.84058600   -1.12515600   -1.22627800    1    1    1
4                 -0.61088200   -0.82394800   -1.97476800    1    1    1
2                  1.86950400   -1.25822300   -2.64315600    1    1    1
1                  3.77138900   -2.23698600   -2.87605100    1    1    1
2                  0.60547600   -1.12941000   -3.19982300    1    1    1
2                  3.13432000   -1.52860200   -3.41569900    1    1    1
1                  3.71694800   -0.61118800   -3.56321300    1    1    1
1                 -0.92887900   -3.44346400   -3.61577800    1    1    1
1                  2.91927000   -1.94526900   -4.40224100    1    1    1
1                 -2.42595400   -2.97069100   -4.42601100    1    1    1
2                  0.21501300   -1.17784400   -4.61057500    1    1    1
2                 -1.36590400   -3.20131900   -4.58681100    1    1    1
2                 -0.65057000   -2.05086600   -5.24648800    1    1    1
1                 -1.31895100   -4.09632300   -5.21636500    1    1    1
4                  0.83947900    0.02229900   -5.73146300    1    1    1
2                 -0.77823000   -1.76116800   -6.64188400    1    1    1
2                 -0.02960000   -0.69204400   -7.06485700    1    1    1
1                 -1.39465700   -2.34293800   -7.31862200    1    1    1
4                  0.00000000    0.00000000   -8.69856200    1    1    1
1                  1.24219200    0.16226290   -9.08161526    1    1    1
1                  1.12657030    0.09837354    9.35981990    1    1    1                 
%endblock Zmatrix                                         

#WriteWaveFunctions        T            # coefficients of the wavefunctions in the basis set orbitals expansion     
#WaveFuncKPointsScale     ReciprocalLatticeVectors
#%block WaveFuncKPoints
#0.000 0.000 0.000 from    1 to 14      # Gamma wavefuncs 1 to 10
#%endblock WaveFuncKPoints

# Output options

WriteCoorInitial          T
WriteCoorStep             T
WriteCoorXmol             T
WriteForces               T
WriteEigenvalues          F            # If .false., it writes them in the file Systemlabel.EIG
WriteMullikenPop          1            # Write Mulliken Population Analysis
#WriteKpoints             T
#WriteKbands              T
#WriteBands               T
WriteMDCoorXmol           T
WriteMDhistory            T


# Options for saving or reading information
                             
MD.UseSaveZM                T     # Use stored positions and velocities
MD.UseSaveCG                T     # Use stored positions and velocities
SaveRho                     T     # Write valence pseudocharge at the mesh
SaveDeltaRho                T     # Write RHOscf-RHOatm at the mesh
SaveElectrostaticPotential  T     # Write the total elect. pot. at the mesh
                                  # (local pseudopotential + Hartree)
SaveTotalPotential          T     # write the valence total effective local potential
                                  # (local pseudopotential + Hartree + Vxc)
WriteSiestaDim              T     # Write minimum dim to siesta.h and stop
WriteDenchar                T     # Write information for DENCHAR

------------------------

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-9 at 07:01 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理相关文档 siesta问题 科研工具 计算-siesta

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
弘德明志博学笃行
1楼2010-05-04 15:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
gavinliu7390(金币+2): 2010-05-07 22:55:17
Siesta计算对体系的轨道展开基的要求比较高（PAO.Basis），可能还需要自己来调整轨道展开基，而不是用他给出的那个设置选项。
   而且如果你的体系稍大%block Kgrid_Monkhorst_Pack 中采用111 0.0的k点计算可能积分的精确度不够高，采用更多的K点如444 0.5之类的也许会好一些。
   DM.MixingWeight       0.02  这一项在计算中应选的比较高，这一项是进行计算前后电子密度混合的参数，对收敛的速度具有很大影响，建议调的高一点，最大值是1，我有时调到0.4-0.5，当然体系不同这里数值也不同，我的经验是调的高了，收敛性要好一点。
    新手，意见仅供参考
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2010-05-07 18:26:00
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangsong1016

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
哦，谢谢你的说明，我做的也是刚起步，很多东西都不明白，谢谢，以后多多交流。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-05-08 10:57:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangguangping 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭