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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】siesta中关于几何结构优化的问题【完结】
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by redskywei at 2010-05-13 10:05:13:

   恩，电子自洽迭代是这样的。电子自洽后算出体系的总能等结果，如果不收敛还需要再进行迭代，我想说的是这样两次迭代之间的系数应该是那个DM.MixingWeight，transiesta-C中就对应于那个beta参数。完全类似于这 ...

我没有使用过transiesta-c,呵呵，它的参数我不是很熟悉。我也是刚刚进入这个圈子。也是新手。

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-14 at 03:05 ]
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弘德明志博学笃行
11楼2010-05-13 19:23:45
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wutingting5283

铜虫 (小有名气)
★
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谢谢楼主的分享，讨论中我们也受益匪浅了，呵呵
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12楼2010-05-14 10:03:06
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yuanzou3015

银虫 (小有名气)

关于k点设置

★
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我也是初学者，想计算周期性的体系，忘了设置k点。但在out文件中找到如下信息：
siesta: k-grid: Number of k-points =     1
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     6.094 Ang
siesta: k-grid: Supercell and displacements
siesta: k-grid:    0   1   0      0.000
siesta: k-grid:    1   0   0      0.000
siesta: k-grid:    0   0   1      0.000
Naive supercell factors:     1    2    1

是否是siesta默认给体系加了k点设置？
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13楼2011-04-07 16:44:20
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yuanzou3015 at 2011-04-07 09:44:20:
我也是初学者，想计算周期性的体系，忘了设置k点。但在out文件中找到如下信息：
siesta: k-grid: Number of k-points =     1
siesta: k-grid: Cutoff (effective) =     6.094 Ang
siesta: k-grid: Supercell ...

看一下手册，不设置的时候，siesta默认使用Gamma点。
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弘德明志博学笃行
14楼2011-04-07 17:17:21
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tongji888

禁虫 (小有名气)
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15楼2011-04-11 22:03:45
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louazhao

禁虫 (初入文坛)
★
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本帖内容被屏蔽
16楼2011-05-06 15:17:03
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by louazhao at 2011-05-06 08:17:03:
最近也在用siesta，但是优化到有机物，如氨基酸的时候，力收敛的很慢，并且力总是再跳跃。不知道怎么办了。很头疼，忘guangping大哥指教。下面是我的fdf文件。
SystemName acid3
SystemLabel acid3

Numbe ...

我觉得你用的受力收敛标准0.01 eV/Ang是比较小的了。如果换成0.02 eV/Ang,可能收敛就会好点。另外，你要是非要用第一个收敛标准，那么你的基组还是不够大。需要再加大。或者是需要优化一下。收敛跳动往往说明基组的水平和你的收敛标准不在一个水平上。另外还有一种可能就是Meshcutoff 这个值有点小，导致grid不够密。这个是我的理解。不对的地方请指教。

PS:试一下下面的的输入文件，我用了153CG就收敛了。

SystemName acid3
SystemLabel acid3

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms   18

%block ChemicalSpeciesLabel
1    1 H
2    6 C
3    7 N
4    8 O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant   1.0 Ang

%block LatticeVectors
20.    0.00000000    0.00000000
0.00000000    20.    0.00000000
0.00000000    0.00000000    20.   
%endblock LatticeVectors

PAO.BasisType    split

PAO.EnergyShift  50 meV
BasisPressure    0.02 GPa

DM.NumberPulay 5

DM.MixingWeight 0.1

PAO.BasisSize    DZP

Meshcutoff      300 Ry

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
-1.0507419   -0.4405814   -0.7119529  3
-0.4710134   -1.2836799    0.3459991  2
-0.2765315    0.8350094   -0.7094998  2
  0.4041976   -1.8290133   -0.0447385  1
-1.2007898   -2.0233394    0.7011197  1
  0.0197976   -0.3117071    1.4337274  2
  0.5245526    0.8902724    0.6122787  2
-0.9685277    1.6858797   -0.8008262  1
  0.6267530    0.8971501   -1.9595977  2
-0.8333388   -0.0088190    2.0672867  1
  1.6004961    0.7633466    0.4261280  1
  0.3963753    1.8435703    1.1388921  1
-2.0368535   -0.2587425   -0.5239144  1
  1.4753252    1.7455755   -2.1221841  4
  0.3550040   -0.0745816   -2.8506832  4
-0.3646791   -0.6049816   -2.3873785  1
  1.0565497   -0.8787263    2.2354130  4
  0.7434246   -0.9466321    3.1499307  1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MD.TypeOfRun           CG
MD.MaxForceTol         0.01 eV/Ang
MD.MaxCGDispl          0.05 Ang
MD.NumCGsteps          300
DM.UseSaveDM           T
MD.UseSaveCG           T
MD.UseSaveXV           T
XC.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
XC.authors            PBE
WriteCoorXmol              T

[ Last edited by zhangguangping on 2011-5-7 at 04:23 ]
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弘德明志博学笃行
17楼2011-05-06 18:53:25
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精神的飞行者

新虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1247305楼: Originally posted by louazhao at 2011-05-06 15:17:03
最近也在用siesta，但是优化到有机物，如氨基酸的时候，力收敛的很慢，并且力总是再跳跃。不知道怎么办了。很头疼，忘guangping大哥指教。下面是我的fdf文件。
SystemName acid3
SystemLabel acid3

NumberOfS ...

力的跳跃比较大，一个可能的原因是MD部分每一步中原子的位移太大了，可以调整为较小的数值，然后增加MD的步数，这样可以使得力的跳跃变小，达到收敛的要求。
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18楼2013-02-22 18:23:21
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