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souledge

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[交流] 【求助】CASTEP做Dynamic时晶体易变…… 已有4人参与

本人课题与热力学等问题联系比较多,所以想用CASTEP中的Dynamic来求得不同晶体的热力学数据(关键是吉布斯函数)。
后来看到了小木虫计算版期刊第一期中wenhua luo和lei0736的《自由能的分子动力学计算》一文,开始按照里面的步骤学习使用Dynamic来模拟计算。
在内能模拟时,先从MS的数据库中直接导入了Ag,然后扩展到8x8x8的结构,再Make P1。然后按照文章中的步骤,选择NPT系综,每个时间步为2fs,温度为300K,然后开始计算。结果总是在进行几个时间步后就提示晶体易变,任务失败。
为了加快全流程速度,改为设置了10fs为一个时间步,共100时间步,Thermostat使用Nose,Barostat使用Andersen,并且为固定了质心(Fix center of mass)。并且为了增强收敛性,加大了截断能,并且使用了8x8x8的K点设置。采用LDA超软赝势进行计算,结果依然有错误提示:
引用回帖:
Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency?
Current trace stack:
md_vv1_npt_nose
md_run
castep

顺便看了一下结果图,的确这个突变有点太那啥了……

由于是工科背景,对于赝势之类的理论比较空白,虽然在恶补,但是暂时依然杯水车薪。哪位高人可以帮忙指出一下,上面的那些步骤,都有哪些问题么……
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souledge

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引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-28 12:23:31:
时间步长缩小试试,为增加速度,减小点k点

可是之前的2fs也一样出这个问题啊,用1fs试试?
另外,记得增加K点会提高计算精度和增加收敛,但是会造成过大的计算负担,可是为什么要减少K点呢?
现在的最重要问题就是总出现晶格易变,无法继续计算。速度只是为了能够快点看到是否出现相同问题……算是try error了……
刚刚接触这个的新人,还望高人详细指点迷津

[ Last edited by souledge on 2010-4-28 at 12:34 ]
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3楼2010-04-28 12:33:17
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zzy870720z

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souledge(金币+1):感谢回复,不过还是不明白,能详细说说么? 2010-04-28 12:33
时间步长缩小试试,为增加速度,减小点k点
博学、审问、慎思、明辨、笃学
2楼2010-04-28 12:23:31
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

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★ ★
souledge(金币+1):补加一个,呵呵 2010-04-28 13:02
hometownlove(金币+2):谢谢交流 2010-04-28 18:38
不是什么高人,呵呵
提高k点能提高精度,不过进行计算前最好测一下k点和cutoff,选取合适的k点和cutoff就能保证精度,没有必要直接就设那么高的k点
用1fs试试吧
博学、审问、慎思、明辨、笃学
4楼2010-04-28 12:37:26
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2010-04-28 12:37:26:
不是什么高人,呵呵
提高k点能提高精度,不过进行计算前最好测一下k点和cutoff,选取合适的k点和cutoff就能保证精度,没有必要直接就设那么高的k点
用1fs试试吧

把截断能降低到了300,把K点也降低到了3x3x3,时间步降低到了1fs,甚至整个的Ag的晶体阵也降低到了4x4x4,速度到是明显上去了,可是,晶体易变的错误依旧……
引用回帖:
Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency?
Current trace stack:
md_vv1_npt_nose
md_run
castep
Error in md_vv1_npt_nose - cell inconsistency?
Current trace stack:
md_vv1_npt_nose
md_run
castep
MPI Application rank 3 exited before MPI_Finalize() with status 1

为了防止这个问题,还在此前特地几何优化了一下4x4x4的结构。不过,由于内存限制,无法把这个结构做成Supercell再计算,只能make P1。
再上两张计算出来的图,这个变化依然是那么强烈……

思想重于技巧,内涵重于表象
5楼2010-04-28 12:54:04
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