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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】键于非键相互作用中的一点疑惑
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】键于非键相互作用中的一点疑惑 已有3人参与

我是一个初学者，我对于Gromacs中的力的形式有几点疑问。
1。 我的理解是“1-4”相互作用应该是非键相互作用，而二面角肯定不用说是键相互作用，但是这两者有交集吗？
2,    在gromacs中各种力学形式不是都定义好了吗？那为什么还要单独列出“1-4”相互作用呢？
3.    “1-4”相互作用是怎么确定的呢？那些原子之间会存在1、4相互作用呢？
应该是我理解的能力有限，可能问的问题有点弱，不过还是很希望大侠们出来指点一下，
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前途是光明的，道路是曲折的。
1楼 2010-04-16 16:30:52
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qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-04-16 20:41
wangdading(金币+1):多谢了！ 2010-04-17 14:47
1，在力来说有，二面角主要是控制分子内的结构，1-4分子内分子间的都有
2，因为默认排除是3，也就是1-4之间的力没有按非键的法则算进去
3，理论上来说都有，只是有些计算中根据要求可以不考虑
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2楼2010-04-16 17:55:07
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-04-16 17:55:07:
1，在力来说有，二面角主要是控制分子内的结构，1-4分子内分子间的都有
2，因为默认排除是3，也就是1-4之间的力没有按非键的法则算进去
3，理论上来说都有，只是有些计算中根据要求可以不考虑

很感谢你的回复，明白了一点，不过还有一些疑问：
1.   既然1-4相互作用包括分子间的，那么分子内的1-4相互作用和二面角键形式有什么本质的区别呢？
2.   我觉得用了二面角键形式和非键相互作用就可以包括1-4相互作用了，为啥还要单列1-4相互作用呢？
3.   你回复的第二点中的“3”是什么意思呢？
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3楼2010-04-16 20:17:39
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-17 10:04
wangdading(金币+1):感谢你的回复！ 2010-04-17 14:49
你这个问题就是二面角中 1-2-3-4

二面角就是1-2-3-4的二面角参数K*(1+cos(n*kai-theta))，而1-4相互作用就是指原子1和4的vdw作用和Coulomb相互作用，但是为了得到更准确的蛋白质骨架结构，常常对1-4相互作用进行缩放，OPLS缩放0.5，amber分别缩放0.5和1/1.2，charmm则不缩放
引用回帖:
Originally posted by wangdading at 2010-04-16 20:17:39:
很感谢你的回复，明白了一点，不过还有一些疑问：
1.   既然1-4相互作用包括分子间的，那么分子内的1-4相互作用和二面角键形式有什么本质的区别呢？
2.   我觉得用了二面角键形式和非键相互作用就可以包括 ...

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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-04-17 08:54:41
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-17 08:54:41:
你这个问题就是二面角中 1-2-3-4

二面角就是1-2-3-4的二面角参数K*(1+cos(n*kai-theta))，而1-4相互作用就是指原子1和4的vdw作用和Coulomb相互作用，但是为了得到更准确的蛋白质骨架结构，常常对1-4相互作用进 ...

不好意思，再追加问一问，是不是Gromacs定义的1-4相互作用就是指的分子内的，进一步说是二面角中的1、4原子的作用呢？分子间存在1-4作用吗？
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前途是光明的，道路是曲折的。
5楼2010-04-17 10:36:14
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
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lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-17 13:49
wangdading(金币+1):Thank you！ 2010-04-17 14:49
引用回帖:
Originally posted by wangdading at 2010-04-17 10:36:14:


不好意思，再追加问一问，是不是Gromacs定义的1-4相互作用就是指的分子内的，进一步说是二面角中的1、4原子的作用呢？分子间存在1-4作用吗？

1234的二面角会考虑，1-4作用就是指1  4 原子间的vdw和静电作用
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技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
6楼2010-04-17 10:40:26
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wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-17 10:40:26:


1234的二面角会考虑，1-4作用就是指1  4 原子间的vdw和静电作用

多谢了，终于清醒了。后来看到分子模拟论坛的帖子“请问1－4作用项指得是什么”，有人也提到了我这个问题，我注意到有一个回帖“’两个分子间的1-4相互作用‘完全是错误的提法，连键都没有何来1-4相互作用”。看来就应该是指分子内的了。
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前途是光明的，道路是曲折的。
7楼2010-04-17 10:50:04
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