应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】键于非键相互作用中的一点疑惑
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 1073  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

wangdading

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】键于非键相互作用中的一点疑惑 已有3人参与

我是一个初学者，我对于Gromacs中的力的形式有几点疑问。
1。 我的理解是“1-4”相互作用应该是非键相互作用，而二面角肯定不用说是键相互作用，但是这两者有交集吗？
2,    在gromacs中各种力学形式不是都定义好了吗？那为什么还要单独列出“1-4”相互作用呢？
3.    “1-4”相互作用是怎么确定的呢？那些原子之间会存在1、4相互作用呢？
应该是我理解的能力有限，可能问的问题有点弱，不过还是很希望大侠们出来指点一下，
回复此楼

» 猜你喜欢
前途是光明的，道路是曲折的。
1楼 2010-04-16 16:30:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qasd

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-04-16 20:41
wangdading(金币+1):多谢了！ 2010-04-17 14:47
1，在力来说有，二面角主要是控制分子内的结构，1-4分子内分子间的都有
2，因为默认排除是3，也就是1-4之间的力没有按非键的法则算进去
3，理论上来说都有，只是有些计算中根据要求可以不考虑
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-16 17:55:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2010-04-16 17:55:07:
1，在力来说有，二面角主要是控制分子内的结构，1-4分子内分子间的都有
2，因为默认排除是3，也就是1-4之间的力没有按非键的法则算进去
3，理论上来说都有，只是有些计算中根据要求可以不考虑

很感谢你的回复，明白了一点，不过还有一些疑问：
1.   既然1-4相互作用包括分子间的，那么分子内的1-4相互作用和二面角键形式有什么本质的区别呢？
2.   我觉得用了二面角键形式和非键相互作用就可以包括1-4相互作用了，为啥还要单列1-4相互作用呢？
3.   你回复的第二点中的“3”是什么意思呢？
赞一下 回复此楼
前途是光明的，道路是曲折的。
3楼2010-04-16 20:17:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-04-17 10:04
wangdading(金币+1):感谢你的回复！ 2010-04-17 14:49
你这个问题就是二面角中 1-2-3-4

二面角就是1-2-3-4的二面角参数K*(1+cos(n*kai-theta))，而1-4相互作用就是指原子1和4的vdw作用和Coulomb相互作用，但是为了得到更准确的蛋白质骨架结构，常常对1-4相互作用进行缩放，OPLS缩放0.5，amber分别缩放0.5和1/1.2，charmm则不缩放
引用回帖:
Originally posted by wangdading at 2010-04-16 20:17:39:
很感谢你的回复，明白了一点，不过还有一些疑问：
1.   既然1-4相互作用包括分子间的，那么分子内的1-4相互作用和二面角键形式有什么本质的区别呢？
2.   我觉得用了二面角键形式和非键相互作用就可以包括 ...

赞一下(2人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
4楼2010-04-17 08:54:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-17 08:54:41:
你这个问题就是二面角中 1-2-3-4

二面角就是1-2-3-4的二面角参数K*(1+cos(n*kai-theta))，而1-4相互作用就是指原子1和4的vdw作用和Coulomb相互作用，但是为了得到更准确的蛋白质骨架结构，常常对1-4相互作用进 ...

不好意思，再追加问一问，是不是Gromacs定义的1-4相互作用就是指的分子内的，进一步说是二面角中的1、4原子的作用呢？分子间存在1-4作用吗？
赞一下 回复此楼
前途是光明的，道路是曲折的。
5楼2010-04-17 10:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-17 13:49
wangdading(金币+1):Thank you！ 2010-04-17 14:49
引用回帖:
Originally posted by wangdading at 2010-04-17 10:36:14:


不好意思，再追加问一问，是不是Gromacs定义的1-4相互作用就是指的分子内的，进一步说是二面角中的1、4原子的作用呢？分子间存在1-4作用吗？

1234的二面角会考虑，1-4作用就是指1  4 原子间的vdw和静电作用
赞一下(2人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
6楼2010-04-17 10:40:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangdading

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-17 10:40:26:


1234的二面角会考虑，1-4作用就是指1  4 原子间的vdw和静电作用

多谢了，终于清醒了。后来看到分子模拟论坛的帖子“请问1－4作用项指得是什么”，有人也提到了我这个问题，我注意到有一个回帖“’两个分子间的1-4相互作用‘完全是错误的提法，连键都没有何来1-4相互作用”。看来就应该是指分子内的了。
赞一下 回复此楼
前途是光明的，道路是曲折的。
7楼2010-04-17 10:50:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wangdading 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +16 小小孟... 2026-04-05 17/850 2026-04-06 00:52 by fmesaito
[考研] 0703调剂，一志愿天津大学319分 +7 haaaabcd 2026-04-05 7/350 2026-04-05 22:25 by dongzh2009
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸！ 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 材料调剂 +13 一样YWY 2026-04-03 14/700 2026-04-05 18:20 by 蓝云思雨
[考研] 298分 070300求调剂 +15 zwen03 2026-04-02 15/750 2026-04-05 12:52 by Hdyxbekcb
[考研] 085410人工智能 初试316分 求调剂 +6 残星拂曙 2026-03-31 6/300 2026-04-05 12:15 by rainbow11
[考研] 一志愿郑大0705求调剂 +3 橘十一 2026-04-02 4/200 2026-04-05 00:05 by chongya
[考研] 324求调剂 +9 想上学求调 2026-04-03 9/450 2026-04-04 23:57 by 果冻大王
[考研] 298求调剂 +5 zzz，，r 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:55 by 蓝云思雨
[考研] 材料383求调剂 +5 郭阳阳阳成 2026-04-04 5/250 2026-04-04 19:06 by dongzh2009
[考研] 总分328生物与医药考数学求调剂 +7 aaadim 2026-04-02 9/450 2026-04-03 22:53 by syh9288
[考研] 材料科学与工程339求调剂 +12 hyz0119 2026-03-31 13/650 2026-04-03 18:33 by ls刘帅
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦！ 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 材料专业求调剂 +10 月月鸟木 2026-04-01 10/500 2026-04-02 12:57 by wxiongid
[考研] 生物学327，求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 085601英二数二求调剂 总分325 +4 余航航 2026-03-31 4/200 2026-03-31 17:38 by 唐沐儿
[考研] 083000环境科学与工程调剂，总分281 +4 橙子（胜意） 2026-03-30 4/200 2026-03-31 00:44 by Linzejun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭