应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计，科普科普我吧
111/2返回列表12下一页
查看: 1340  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

ming.su

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计，科普科普我吧 已有5人参与

我是一个外行，却要设计引物。
学起来还真是头疼。

我想设计一个引物，但是没有模板序列，或者说是模板序列在NCBI查到一些相似的种的片段基因，我现在已经获得了这些基因片段，然后我想为其中某个种设计一个引物，我该如何做？
目前，我是这么做的：
1. 复制我所需的那个种的片段，放入Primer3，pick primer。
2. 复制由Primer3生成的Primer，放入nucleotide blast，得到一堆相似的基因片段，其中有好多的E-value，这意味着什么呢？
以上两步都是别人教我的，苦在我英文不好，听不懂老外。
我应该怎么做？
关键是如何找到我所需要的primer。

头疼得很，各位大侠，大女侠，帮帮我吧。
在此谢过了。

[ Last edited by ming.su on 2010-4-12 at 13:06 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
https://drwater.rcees.ac.cn
1楼 2010-04-12 12:34:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+1): 2010-04-12 12:48
请楼主告诉我们，你设计引物的目的，既然有你要的那个物种的片段，为什么还要比对，楼主究竟要干什么
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-04-12 12:47:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 12:47:01:
请楼主告诉我们，你设计引物的目的，既然有你要的那个物种的片段，为什么还要比对，楼主究竟要干什么

多谢你的问题，
我设计引物的目的是想与这个物种相匹配，用于realtime pcr， 用以监测这个物种的数量。
而我所拥有的这个物种的片段，我觉得不应该正是我所需要的那个物种，
只是很相似的物种的片段。
比如：
我要的是Anabaena.cirinalis
但是我找到的可能是其他的Anabaena sp。

然后，我刚刚又去确认了一下，应该复制有primer3生成的引物，放入blast。得到很多E-value等等的物种。这里应该如何用？
赞一下 回复此楼
https://drwater.rcees.ac.cn
3楼2010-04-12 13:05:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3): 2010-04-12 20:40
这样的话，我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种，设计引物，如果同源性能达到90左右，不用比对也行，就是说不用设计简并引物，就用现在的引物，在你的物种中P出一段来，大概几百bp就够了，然后将这段序列克隆测序，获得序列后设计realtime的引物和探针，这样可以保证你扩增的准确性，如果你不测序目前物种的片段，而直接设计realtime的引物和探针，很难保证你的扩增特异性及效率，也就会影响定量的准确性
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-04-12 13:25:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 13:25:01:
这样的话，我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种，设计引物，如果同源性能达到90左右，不用比对也行，就是说不用设计简并引物，就用现在的引物，在你的物种中P出一段来，大概几百bp就够了，然后将这段序列克隆 ...

多谢多谢。
我先消化一下，然后再来问。
赞一下 回复此楼
https://drwater.rcees.ac.cn
5楼2010-04-12 13:35:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕博

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2): 2010-04-12 20:40
难道LZ是在国外上学吗？
你说的那个E-value应该是越小越好。
其它的你可以在网上查查，这方面的东西很多的~
祝好运~
赞一下(2人) 回复此楼
生命在于折腾~
6楼2010-04-12 14:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 刘仕博 at 2010-04-12 14:05:54:
难道LZ是在国外上学吗？
你说的那个E-value应该是越小越好。
其它的你可以在网上查查，这方面的东西很多的~
祝好运~

暂时是，
太多了，看得头昏脑涨，而且不知道到底信哪个。

顺便问一下，我从primer3选出来的引物，放入blast里验证引物，如果得到的图像这样，是不是说明，我的引物可行？
赞一下 回复此楼
https://drwater.rcees.ac.cn
7楼2010-04-12 14:24:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕博

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ming.su at 2010-04-12 14:24:38:


暂时是，
太多了，看得头昏脑涨，而且不知道到底信哪个。

顺便问一下，我从primer3选出来的引物，放入blast里验证引物，如果得到的图像这样，是不是说明，我的引物可行？
[img]http://pic.muchong.com/201 ...

这个东西不说明问题的。
你得看后面的东西~
赞一下(1人) 回复此楼
生命在于折腾~
8楼2010-04-12 16:49:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zjlxxjy

禁虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
本帖内容被屏蔽
9楼2010-04-12 17:47:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕博

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zjlxxjy at 2010-04-12 17:47:56:



呵呵，我也是来学习的。

我也不是用母语学的，所以可能也学的不是那么明白，呵呵~
不过一般我找引物的时候都不看那个，只看看后面的特异性。
赞一下(1人) 回复此楼
生命在于折腾~
10楼2010-04-12 19:25:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ming.su 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 8/400 2026-09-02 02:42 by Leogzhya
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-09-02 00:19 by xiangy672
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +6 叶九微 2026-08-26 6/300 2026-08-31 23:54 by yudaoqian88
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +7 雨打竹帘 2026-08-30 11/550 2026-08-31 23:16 by hittle2008
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭