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ming.su

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计,科普科普我吧 已有5人参与

我是一个外行,却要设计引物。
学起来还真是头疼。

我想设计一个引物,但是没有模板序列,或者说是模板序列在NCBI查到一些相似的种的片段基因,我现在已经获得了这些基因片段,然后我想为其中某个种设计一个引物,我该如何做?
目前,我是这么做的:
1. 复制我所需的那个种的片段,放入Primer3,pick primer。
2. 复制由Primer3生成的Primer,放入nucleotide blast,得到一堆相似的基因片段,其中有好多的E-value,这意味着什么呢?
以上两步都是别人教我的,苦在我英文不好,听不懂老外。
我应该怎么做?
关键是如何找到我所需要的primer。

头疼得很,各位大侠,大女侠,帮帮我吧。
在此谢过了。

[ Last edited by ming.su on 2010-4-12 at 13:06 ]
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https://drwater.rcees.ac.cn
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zjlxxjy

禁虫 (小有名气)


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9楼2010-04-12 17:47:56
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★
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amisking(金币+1): 2010-04-12 12:48
请楼主告诉我们,你设计引物的目的,既然有你要的那个物种的片段,为什么还要比对,楼主究竟要干什么
2楼2010-04-12 12:47:01
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ming.su

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 12:47:01:
请楼主告诉我们,你设计引物的目的,既然有你要的那个物种的片段,为什么还要比对,楼主究竟要干什么

多谢你的问题,
我设计引物的目的是想与这个物种相匹配,用于realtime pcr, 用以监测这个物种的数量。
而我所拥有的这个物种的片段,我觉得不应该正是我所需要的那个物种,
只是很相似的物种的片段。
比如:
我要的是Anabaena.cirinalis
但是我找到的可能是其他的Anabaena sp。

然后,我刚刚又去确认了一下,应该复制有primer3生成的引物,放入blast。得到很多E-value等等的物种。这里应该如何用?
https://drwater.rcees.ac.cn
3楼2010-04-12 13:05:29
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

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amisking(金币+3): 2010-04-12 20:40
这样的话,我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种,设计引物,如果同源性能达到90左右,不用比对也行,就是说不用设计简并引物,就用现在的引物,在你的物种中P出一段来,大概几百bp就够了,然后将这段序列克隆测序,获得序列后设计realtime的引物和探针,这样可以保证你扩增的准确性,如果你不测序目前物种的片段,而直接设计realtime的引物和探针,很难保证你的扩增特异性及效率,也就会影响定量的准确性
4楼2010-04-12 13:25:01
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