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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计，科普科普我吧
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ming.su

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计，科普科普我吧 已有5人参与

我是一个外行，却要设计引物。
学起来还真是头疼。

我想设计一个引物，但是没有模板序列，或者说是模板序列在NCBI查到一些相似的种的片段基因，我现在已经获得了这些基因片段，然后我想为其中某个种设计一个引物，我该如何做？
目前，我是这么做的：
1. 复制我所需的那个种的片段，放入Primer3，pick primer。
2. 复制由Primer3生成的Primer，放入nucleotide blast，得到一堆相似的基因片段，其中有好多的E-value，这意味着什么呢？
以上两步都是别人教我的，苦在我英文不好，听不懂老外。
我应该怎么做？
关键是如何找到我所需要的primer。

头疼得很，各位大侠，大女侠，帮帮我吧。
在此谢过了。

[ Last edited by ming.su on 2010-4-12 at 13:06 ]
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1楼 2010-04-12 12:34:08
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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amisking(金币+1): 2010-04-12 12:48
请楼主告诉我们，你设计引物的目的，既然有你要的那个物种的片段，为什么还要比对，楼主究竟要干什么
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2楼2010-04-12 12:47:01
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ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 12:47:01:
请楼主告诉我们，你设计引物的目的，既然有你要的那个物种的片段，为什么还要比对，楼主究竟要干什么

多谢你的问题，
我设计引物的目的是想与这个物种相匹配，用于realtime pcr， 用以监测这个物种的数量。
而我所拥有的这个物种的片段，我觉得不应该正是我所需要的那个物种，
只是很相似的物种的片段。
比如：
我要的是Anabaena.cirinalis
但是我找到的可能是其他的Anabaena sp。

然后，我刚刚又去确认了一下，应该复制有primer3生成的引物，放入blast。得到很多E-value等等的物种。这里应该如何用？
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3楼2010-04-12 13:05:29
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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amisking(金币+3): 2010-04-12 20:40
这样的话，我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种，设计引物，如果同源性能达到90左右，不用比对也行，就是说不用设计简并引物，就用现在的引物，在你的物种中P出一段来，大概几百bp就够了，然后将这段序列克隆测序，获得序列后设计realtime的引物和探针，这样可以保证你扩增的准确性，如果你不测序目前物种的片段，而直接设计realtime的引物和探针，很难保证你的扩增特异性及效率，也就会影响定量的准确性
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4楼2010-04-12 13:25:01
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ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 13:25:01:
这样的话，我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种，设计引物，如果同源性能达到90左右，不用比对也行，就是说不用设计简并引物，就用现在的引物，在你的物种中P出一段来，大概几百bp就够了，然后将这段序列克隆 ...

多谢多谢。
我先消化一下，然后再来问。
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5楼2010-04-12 13:35:07
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刘仕博

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amisking(金币+2): 2010-04-12 20:40
难道LZ是在国外上学吗？
你说的那个E-value应该是越小越好。
其它的你可以在网上查查，这方面的东西很多的~
祝好运~
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生命在于折腾~
6楼2010-04-12 14:05:54
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ming.su

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 刘仕博 at 2010-04-12 14:05:54:
难道LZ是在国外上学吗？
你说的那个E-value应该是越小越好。
其它的你可以在网上查查，这方面的东西很多的~
祝好运~

暂时是，
太多了，看得头昏脑涨，而且不知道到底信哪个。

顺便问一下，我从primer3选出来的引物，放入blast里验证引物，如果得到的图像这样，是不是说明，我的引物可行？
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7楼2010-04-12 14:24:38
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刘仕博

金虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by ming.su at 2010-04-12 14:24:38:


暂时是，
太多了，看得头昏脑涨，而且不知道到底信哪个。

顺便问一下，我从primer3选出来的引物，放入blast里验证引物，如果得到的图像这样，是不是说明，我的引物可行？
[img]http://pic.muchong.com/201 ...

这个东西不说明问题的。
你得看后面的东西~
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生命在于折腾~
8楼2010-04-12 16:49:20
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zjlxxjy

禁虫 (小有名气)
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9楼2010-04-12 17:47:56
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刘仕博

金虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by zjlxxjy at 2010-04-12 17:47:56:



呵呵，我也是来学习的。

我也不是用母语学的，所以可能也学的不是那么明白，呵呵~
不过一般我找引物的时候都不看那个，只看看后面的特异性。
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生命在于折腾~
10楼2010-04-12 19:25:52
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