24小时热门版块排行榜    

查看: 1378  |  回复: 10
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

ming.su

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计,科普科普我吧 已有5人参与

我是一个外行,却要设计引物。
学起来还真是头疼。

我想设计一个引物,但是没有模板序列,或者说是模板序列在NCBI查到一些相似的种的片段基因,我现在已经获得了这些基因片段,然后我想为其中某个种设计一个引物,我该如何做?
目前,我是这么做的:
1. 复制我所需的那个种的片段,放入Primer3,pick primer。
2. 复制由Primer3生成的Primer,放入nucleotide blast,得到一堆相似的基因片段,其中有好多的E-value,这意味着什么呢?
以上两步都是别人教我的,苦在我英文不好,听不懂老外。
我应该怎么做?
关键是如何找到我所需要的primer。

头疼得很,各位大侠,大女侠,帮帮我吧。
在此谢过了。

[ Last edited by ming.su on 2010-4-12 at 13:06 ]
回复此楼
https://drwater.rcees.ac.cn
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

刘仕博

金虫 (著名写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zjlxxjy at 2010-04-12 17:47:56:



呵呵,我也是来学习的。

我也不是用母语学的,所以可能也学的不是那么明白,呵呵~
不过一般我找引物的时候都不看那个,只看看后面的特异性。
生命在于折腾~
10楼2010-04-12 19:25:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 11 个回答

yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+1): 2010-04-12 12:48
请楼主告诉我们,你设计引物的目的,既然有你要的那个物种的片段,为什么还要比对,楼主究竟要干什么
2楼2010-04-12 12:47:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ming.su

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-04-12 12:47:01:
请楼主告诉我们,你设计引物的目的,既然有你要的那个物种的片段,为什么还要比对,楼主究竟要干什么

多谢你的问题,
我设计引物的目的是想与这个物种相匹配,用于realtime pcr, 用以监测这个物种的数量。
而我所拥有的这个物种的片段,我觉得不应该正是我所需要的那个物种,
只是很相似的物种的片段。
比如:
我要的是Anabaena.cirinalis
但是我找到的可能是其他的Anabaena sp。

然后,我刚刚又去确认了一下,应该复制有primer3生成的引物,放入blast。得到很多E-value等等的物种。这里应该如何用?
https://drwater.rcees.ac.cn
3楼2010-04-12 13:05:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yujiaping1

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3): 2010-04-12 20:40
这样的话,我觉得你应该是首先找到同源性较高的物种,设计引物,如果同源性能达到90左右,不用比对也行,就是说不用设计简并引物,就用现在的引物,在你的物种中P出一段来,大概几百bp就够了,然后将这段序列克隆测序,获得序列后设计realtime的引物和探针,这样可以保证你扩增的准确性,如果你不测序目前物种的片段,而直接设计realtime的引物和探针,很难保证你的扩增特异性及效率,也就会影响定量的准确性
4楼2010-04-12 13:25:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生 +5 oxidpl 2026-09-20 7/350 2026-09-27 10:43 by Equinoxhua
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:26 by 4IW0sJvtEqX8
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:21 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:15 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:03 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 oeyPlfmMUpOC 2026-09-26 3/150 2026-09-27 09:13 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:32 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:05 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:50 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 6/300 2026-09-27 05:42 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 7/350 2026-09-25 11:18 by yhq9807
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
[基金申请] 师弟论文见刊大半年才想起来申请专利,还能抢救一下吗? +4 13108017953 2026-09-21 4/200 2026-09-24 10:06 by kudofaye
信息提示
请填处理意见