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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】dalton-2.0编译及测试问题【完结】
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zhangguangping

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】dalton-2.0编译及测试问题【完结】 已有3人参与

我现在在集群上安装dalton-2.0,使用的是已经安装好了的ifort-10,mkl10.2,openmpi-1.2.6.这三个组件都能正常工作（编译出来的其他的程序能并行计算）！但是现在编译dalton-2.0的时候编译倒是通过了，但是就是不能算东西！连测试也通不过！
我的系统是suse，机器是intel的！
我的配置文件是：
--------------------------
ARCH          = linux
FMMDIR        = mm
#
CPPFLAGS      = -DVAR_LINSCA -DVAR_IFC -DMOD_FMM -DGFORTRAN=412 -DSYS_LINUX -DVAR_MFDS -D'INSTALL_WRKMEM=20000000' -D'INSTALL_BASDIR="/home/zhanggp/software/dalton-2.0/basis/"' -DVAR_MPI -DIMPLICIT_NONE -DSMALL_STATIC_ALLOCATION
F77           = mpif90
F90           = mpif90
FLNK          = mpif90
CC            = mpicc
RM            = rm -f
FFLAGS        = -O3 -w -g
F90OPTFLAGS   = -O3 -w -fpp -g
SAFEFFLAGS    = -O2 -w -g
CFLAGS        = -O3 -std=c99 -DRESTRICT=restrict -DFUNDERSCORE=1
INCLUDES      = -I../include
LIBS          = -L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -lguide -lpthread
INSTALLDIR    = /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin
PDPACK_EXTRAS = linpack.o eispack.o gp_dlapack.o gp_zlapack.o
GP_EXTRAS     =
AR            = ar
ARFLAGS       =  rvs
#
default : linuxparallel.x
#
# Parallel initialization
#
MPI_INCLUDE_DIR =
MPI_LIB_PATH    =
MPI_LIB         =
#
#
# Suffix rules C
#
.SUFFIXES : .f90 .F .o .c

.f90.o:
        $(F90) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(F90OPTFLAGS) -c $*.f90

.F.o:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F

.c.o:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c

#ajt Remove debian linux built-in rule
%.o: %.mod
------------------------
测试出的问题是（剪切的其中一个测试的错误）：
---------------------------
###########################################################
start now with test cc_rsp_twophotdirect:
-----------------------------------------------------------
   cc_rsp_twophotdirect
   --------------------
   Molecule:         HF in C2v
   Wave Functions:   CCS, CC2, CCSD / 6-31G**
   Test Purpose:     Integral-direct calculation of twophoton
                     transition moments
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...
100
   Dalton Release 2.0 (Feb. 2005)
   Invocation: /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/../bin/dalton -ext log cc_rsp_twophotdirect cc_rsp_twophotdirect
   Sat Apr  3 21:15:49 CST 2010
   Calculation: cc_rsp_twophotdirect  (input files: cc_rsp_twophotdirect.dal and cc_rsp_twophotdirect.mol)
   Input dir  : /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/2010-04-03T21_03-testjob
   Scratch dir: /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect
  --- SEVERE ERROR, PROGRAM WILL BE ABORTED ---
     Date and time (Linux)  : Sat Apr  3 21:16:29 2010
     Host name              : cl232                                   
Reason: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...
>>>> Total CPU  time used in DALTON:  36.06 seconds
>>>> Total wall time used in DALTON:  40.00 seconds
Error in /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin/dalton.x, exit code 100
cc_rsp_twophotdirect.tar.gz has been copied to /home/zhanggp/software/dalton-2.0/test/2010-04-03T21_03-testjob
- THEREFORE scratch directory /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect is not deleted
  by this script so you may restart the calculation, if possible
  ( /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect may be deleted by your queueing system )
- REMEMBER to delete /tmp//zhanggp/cc_rsp_twophotdirect yourself !!!

evaluate output file ./cc_rsp_twophotdirect.log:
-----------------------------------------------------------
TEST FAILED ABNORMALLY
###########################################################

-----------------------------
两外我想所有的数学库函数都想用MKL的， linpack.o eispack.o gp_dlapack.o gp_zlapack.o这四个都不想采用！该怎么弄啊？
虫子高手帮帮忙吧！
在线等待！

[ Last edited by zhangguangping on 2010-5-9 at 06:56 ]
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弘德明志博学笃行
1楼 2010-04-03 21:27:44
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shalene

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我以前也碰到过类似的情况，mpich2+ifort9+MKL8可以正常编译并并行运行其它程序，dalton不行。论坛问，无果。google之，可能的原因是dalton本身太老，新版mkl一级mpich2与它有兼容问题。后换成mpich+ifort9+atlas就行了。

你要问出结果了，记得通知我一声。谢谢
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-04-06 16:32:15
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查看全部 19 个回答

coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
aylayl08(金币+3):谢谢提示 2010-04-05 20:45
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

你的openmpi是用intel编译器编译的吗？

也有可能是你的openmpi有问题

最好给出更详细的配置
赞一下(2人) 回复此楼
技术博客：http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
2楼2010-04-05 18:24:21
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by coolrainbow at 2010-04-05 11:24:21:
info: dummy MPI_INIT called, nothing done
info: dummy MPI_FINALIZE called, exiting ...

你的openmpi是用intel编译器编译的吗？

也有可能是你的openmpi有问题

最好给出更详细的配置

谢谢你的回复！我的openmpi是用ifort编译的！我先安装的ifort，后openmpi,后mkl。他们三个组合弄得其他的软件都可以算啊！
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弘德明志博学笃行
3楼2010-04-05 18:30:51
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhangguangping at 2010-04-05 11:30:51:

谢谢你的回复！我的openmpi是用ifort编译的！我先安装的ifort，后openmpi,后mkl。他们三个组合弄得其他的软件都可以算啊！

你好！我的机器是Intel的核，上面安装了ifort-10.1.012,mkl-10.0.2.018,openmpi-1.2.6.他们便以的其他的软件可以正常工作！不过也有个别软件出现类似的下面的错误！
我编译的是dalton-2.0版本！
我的Makefile.config文件如下：
-------------------------------------------
ARCH        = linux
#
#
CPPFLAGS      = -DVAR_IFC -DSYS_LINUX -DVAR_MFDS -D'INSTALL_WRKMEM=100000000' -D'INSTALL_BASDIR="/home/zhanggp/software/dalton-2.0/basis/"' -DVAR_MPI -DIMPLICIT_NONE
F77           = mpif90
F90           = mpif90
CC            = mpicc
FLNK          = mpif90
RM            = rm -f
FFLAGS        = -O3 -w -g
F90OPTFLAGS   = -O3 -w -fpp -g
SAFEFFLAGS    = -O2 -w -g
CFLAGS        = -O3 -std=c99 -DRESTRICT=restrict -DFUNDERSCORE=1
INCLUDES      = -I../include
LIBS          = -L/home/zhanggp/intel/mkl/10.0.2.018/lib/em64t -lguide -lpthread -lmkl_lapack -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core
INSTALLDIR    = /home/zhanggp/software/dalton-2.0/bin
PDPACK_EXTRAS = linpack.o eispack.o
GP_EXTRAS     =
AR            = ar
ARFLAGS       = rvs
# flags for ftnchek on Dalton /hjaaj
CHEKFLAGS  = -nopure -nopretty -nocommon -nousage -noarray -notruncation -quiet  -noargumants -arguments=number  -usage=var-unitialized
# -usage=var-unitialized:arg-const-modified:arg-alias
# -usage=var-unitialized:var-set-unused:arg-unused:arg-const-modified:arg-alias
#
default : linuxparallel.x
#
# Parallel initialization
#
MPI_INCLUDE_DIR =
MPI_LIB_PATH    =
MPI_LIB         =
#
#
# Suffix rules
# hjaaj Oct 04: .g is a "cheat" suffix, for debugging.
#               'make x.g' will create x.o from x.F or x.c with -g debug flag set.
#
.SUFFIXES : .F .o .c .i .g

.F.o:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -c $*.F

.F.g:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(FFLAGS) -g -c $*.F

.c.o:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -c $*.c

.c.g:
        $(CC) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) -g -c $*.c

.F.i:
        $(F77) $(INCLUDES) $(CPPFLAGS) -E $*.F > $*.i

--------------------------------------------
续下：：：：：
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弘德明志博学笃行
4楼2010-04-06 08:42:54
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