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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计出现的问题，请高手指点
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wbfree

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计出现的问题，请高手指点 已有1人参与

我做的是SSR基因定位，根据引物设计软件，设计出来4对引物，最后都跑出来带了，然而都没差异。请问，比对的时候是有差异的，为什么跑出来没差异呢？
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1楼 2010-03-26 10:00:18
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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1949stone(金币+1): 2010-03-26 12:55
有的时候用琼脂糖胶看不出来微卫星的差异，你试试非变性聚丙烯酰胺胶吧
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2楼2010-03-26 11:12:56
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amilie030312

金虫 (正式写手)
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司马诸葛(金币+1): 2010-03-26 15:41
你跑的啥电泳啊？用的是啥酶啊？
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3楼2010-03-26 11:17:04
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wbfree

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by amilie030312 at 2010-03-26 11:17:04:
你跑的啥电泳啊？用的是啥酶啊？

琼脂糖凝胶 taq酶

平时设计的引物都是这么跑的 效果基本上挺好的
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4楼2010-03-30 10:59:23
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wbfree

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-26 11:12:56:
有的时候用琼脂糖胶看不出来微卫星的差异，你试试非变性聚丙烯酰胺胶吧

平时就是用琼脂糖凝胶跑的 效果都挺好的
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5楼2010-03-30 11:00:11
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
Originally posted by wbfree at 2010-03-30 11:00:11:


平时就是用琼脂糖凝胶跑的 效果都挺好的

如果你在琼脂糖上看到条带有明暗差异，那么就说明是有多态的，但是琼脂糖无法分辨清楚这种多态，我们现在做微卫星没有跑琼脂糖胶的，一般都是上聚丙烯，或者直接多重PCR用测序仪分析，琼脂糖的结果很差，往往会在等位基因数上相差五六个，可信度太低了
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6楼2010-03-30 11:04:58
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amilie030312

金虫 (正式写手)
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跑垂直板吧，聚丙烯的电泳。
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7楼2010-04-08 13:21:55
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