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wbfree

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】引物设计出现的问题,请高手指点 已有1人参与

我做的是SSR基因定位,根据引物设计软件,设计出来4对引物,最后都跑出来带了,然而都没差异。请问,比对的时候是有差异的,为什么跑出来没差异呢?
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yujiaping1

木虫 (著名写手)

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1949stone(金币+1): 2010-03-26 12:55
有的时候用琼脂糖胶看不出来微卫星的差异,你试试非变性聚丙烯酰胺胶吧
2楼2010-03-26 11:12:56
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amilie030312

金虫 (正式写手)

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司马诸葛(金币+1): 2010-03-26 15:41
你跑的啥电泳啊?用的是啥酶啊?
3楼2010-03-26 11:17:04
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wbfree

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by amilie030312 at 2010-03-26 11:17:04:
你跑的啥电泳啊?用的是啥酶啊?

琼脂糖凝胶 taq酶

平时设计的引物都是这么跑的 效果基本上挺好的
4楼2010-03-30 10:59:23
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wbfree

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-03-26 11:12:56:
有的时候用琼脂糖胶看不出来微卫星的差异,你试试非变性聚丙烯酰胺胶吧

平时就是用琼脂糖凝胶跑的 效果都挺好的
5楼2010-03-30 11:00:11
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


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引用回帖:
Originally posted by wbfree at 2010-03-30 11:00:11:


平时就是用琼脂糖凝胶跑的 效果都挺好的

如果你在琼脂糖上看到条带有明暗差异,那么就说明是有多态的,但是琼脂糖无法分辨清楚这种多态,我们现在做微卫星没有跑琼脂糖胶的,一般都是上聚丙烯,或者直接多重PCR用测序仪分析,琼脂糖的结果很差,往往会在等位基因数上相差五六个,可信度太低了
6楼2010-03-30 11:04:58
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amilie030312

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
跑垂直板吧,聚丙烯的电泳。
7楼2010-04-08 13:21:55
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