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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】荧光定量PCR数据分析 ???
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wdgsmv58

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】荧光定量PCR数据分析 ???

纠结中.........
前期本人做了一批荧光定量，实验是这样设计的：
样品为植物叶片组织，接种某一病毒，
设抗感对照，
按接种后0h,2h,4h,8h,12,24h取样，
各个时间点设病毒组和对照组（接不含病毒的缓冲液）。


结果每个基因在各个时间点就有4幅柱状图：
抗病的病毒组和对照组，感病的病毒组和对照组。


本实验的目的是比较某个基因在抗感品种中是否有差异，
同时剔除缓冲液的干扰。

如此则存在这样的问题：
如何剔除缓冲液的影响？是各个时间点的病毒组减去对照组还是除以对照组？
亦或是直接去比较？
如果减的话，0h对照如何处理？还有减或除后误差如何控制？
如果病毒组和对照组直接比较，还需要跟0h相比吗？
这样的比较后，如何分析抗感之间的比较？？


看过一些文献，正规的实验应该这样设计的，也有不少文献也提到这样设计的，
不过他们在分析的时候并没有详细的描述分析过程，
至今上面的问题仍然在我的脑海中纠结中，
不知道怎么样分析才好，
望有经验的大虾们给予指导，
谢谢！！！




本贴设置的金币奖励一直无合适的人给予解答，
现想收回金币，取消求助，可否？
谢谢！

[ Last edited by wdgsmv58 on 2010-6-11 at 08:07 ]
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海纳百川,有容乃大!壁立千仞,无欲则刚!
1楼 2010-03-26 08:33:46
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wdgsmv58

铁杆木虫 (正式写手)


我的求助要沉下去了，
各位大虾怎么不给出一个建议呢？？？
即使不是专业的，
只能您给出一定的建议
都有金币赠送哦，
而且现在我已经增加了金币的个数
望各位大虾献言献策
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海纳百川,有容乃大!壁立千仞,无欲则刚!
2楼2010-03-26 10:48:21
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
★
1949stone(金币+1): 2010-03-26 12:56
wdgsmv58(金币+2):不知阁下做过类似的实验没有？欢迎有时间交流交流 2010-03-26 17:13
oh就是直接提rna啊，缓冲液对照，你随便吧，2h也行，2-24都设也行
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-03-26 11:31:01
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wdgsmv58

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-03-26 11:31:01:
oh就是直接提rna啊，缓冲液对照，你随便吧，2h也行，2-24都设也行

呵呵，
我上面提到的实验已经完成，
所有的样品都提RNA做过荧光定量分析，
所有的数据也都出来了，
实验设计的也基本合理，
现在纠结的是结果数据如何去比较分析？
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海纳百川,有容乃大!壁立千仞,无欲则刚!
4楼2010-03-26 17:11:45
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silicare

荣誉版主 (文坛精英)

合伙创业版兼职版主

优秀版主
这么快就做完了啊
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5楼2010-03-26 17:20:17
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清风流水656

铜虫 (初入文坛)
wdgsmv58(金币+3):谢谢！ 2010-03-26 18:51
lz要从生物统计学方面着手啊，不该是“减”或“除”这么简单！把实验看成某一变量对两组不同样品的影响是否有有显著性差异来分析，统计学书上都有说如何分析。
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6楼2010-03-26 17:33:55
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wdgsmv58

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by silicare at 2010-03-26 17:20:17:
这么快就做完了啊

呵呵，
做了大半年
刚开始没怎么想
现在仔细分析的时候才发现
原来这么伤脑筋
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海纳百川,有容乃大!壁立千仞,无欲则刚!
7楼2010-03-26 18:46:02
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wdgsmv58

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 清风流水656 at 2010-03-26 17:33:55:
lz要从生物统计学方面着手啊，不该是“减”或“除”这么简单！把实验看成某一变量对两组不同样品的影响是否有有显著性差异来分析，统计学书上都有说如何分析。

做过统计分析，差异的显著性与否也明确了，
现在是想简化图表，
剔除对照组的干扰因素，
用一种简练的语言对结果进行描述
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海纳百川,有容乃大!壁立千仞,无欲则刚!
8楼2010-03-26 18:50:58
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)
wdgsmv58(金币+2):谢谢！！ 2010-03-28 09:45
==b
看了半天，其实能不能画个简图来表达一下呢？我还不大理解你怎么设计的实验
这么多组肯定是方差分析+LSD-t之类的了（前提是符合正态分布）
把缓冲液作为一个因素来看的话，当然不是剔除或者减去那么简单啦~肯定要单独作为一组数据来对待
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9楼2010-03-26 21:53:18
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wangleisdnu

金虫 (正式写手)
wdgsmv58(金币+1):谢谢！！！ 2010-03-28 09:45
设定初始值为1，其他时间点一初始值为参考，得出变化的程度
赞一下 回复此楼
有勇气去改变你可以改变的,有度量去容忍你不能改变的,有智慧去区分上面的两种情况http://bbs.bioon.net/bbs/?66210
10楼2010-03-27 18:29:03
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