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puffy581

新虫

[交流] 【求助】DS中CDOCKER的操作 已有3人参与

刚刚开始接触分子对接的问题，现在我刚刚学会libdock和flexible docking
我只知道CDOCKER也是一个柔性对接，但具体的操作时怎么样的？能给我介绍一下么？
在这种对接下，对小分子是怎么处理的，我只是在chemdraw中画了个分子，贴了上去，好像不行啊。

[ Last edited by puffy581 on 2010-3-24 at 13:23 ]
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1楼 2010-03-18 22:16:30
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tingjun

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★
puffy581(金币+2):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-07 09:54
对，就是这样的，活性和你的小分子先优化一下，在对接过程中应该还会进行构象搜索的
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5楼2010-04-07 08:59:31
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CADD

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★ ★ ★
puffy581(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-29 14:41
CDOCKER是半柔性对接吧，我也是刚接触CDOCKER，在protocol下有一个generate  conformation，用这个用该可以吧，它会自动生成很多构象。用chemdraw画完后，保存成mol格式。你的结合位点已知吗？要是已知的话，直接找到结合位点，定义成sphere后，就可以对接了。
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2楼2010-03-29 13:55:12
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kingkanglee

专家顾问

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
puffy581(金币+2):谢谢参与
太专业，帮你顶
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两岸共同市场就是一中市场。
4楼2010-03-29 20:16:19
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CADD

管理员

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-07 10:15
还有就是，在做对接之前，一定要给你的蛋白质赋力场，这一点很重要。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-04-07 10:10:28
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