应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】DS中CDOCKER的操作
71/1返回列表
查看: 963  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 puffy581 的 12 个金币 ，回帖就立即获得 2 个金币，每人有 1 次机会

puffy581

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】DS中CDOCKER的操作 已有3人参与

刚刚开始接触分子对接的问题，现在我刚刚学会libdock和flexible docking
我只知道CDOCKER也是一个柔性对接，但具体的操作时怎么样的？能给我介绍一下么？
在这种对接下，对小分子是怎么处理的，我只是在chemdraw中画了个分子，贴了上去，好像不行啊。

[ Last edited by puffy581 on 2010-3-24 at 13:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2010-03-18 22:16:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CADD

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
puffy581(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-29 14:41
CDOCKER是半柔性对接吧，我也是刚接触CDOCKER，在protocol下有一个generate  conformation，用这个用该可以吧，它会自动生成很多构象。用chemdraw画完后，保存成mol格式。你的结合位点已知吗？要是已知的话，直接找到结合位点，定义成sphere后，就可以对接了。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-03-29 13:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

susan09
★
puffy581(金币+2):谢谢参与
先顶一下
3楼2010-03-29 15:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kingkanglee

新虫 (正式写手)
★
puffy581(金币+2):谢谢参与
太专业，帮你顶
回复此楼
两岸共同市场就是一中市场。
4楼2010-03-29 20:16:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tingjun

木虫 (小有名气)
★ ★
puffy581(金币+2):谢谢参与
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-07 09:54
对，就是这样的，活性和你的小分子先优化一下，在对接过程中应该还会进行构象搜索的
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-04-07 08:59:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

CADD

银虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-07 10:15
还有就是，在做对接之前，一定要给你的蛋白质赋力场，这一点很重要。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-04-07 10:10:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

puffy581

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by CADD at 2010-04-07 10:10:28:
还有就是，在做对接之前，一定要给你的蛋白质赋力场，这一点很重要。

谢谢你
回复此楼
7楼2010-04-07 10:43:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 puffy581 的主题更新
71/1返回列表
提示: 如果您在30分钟内回复过其他散金贴，则可能无法领取此贴金币
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 5/250 2026-03-16 20:25 by 张vvvv
[文学芳草园] 伙伴们，祝我生日快乐吧 +17 myrtle 2026-03-10 26/1300 2026-03-16 18:32 by 青橙Ln
[考研] 化学工程321分求调剂 +9 大米饭！ 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:41 by 我的船我的海
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 294求调剂 +3 Zys010410@ 2026-03-13 4/200 2026-03-15 10:59 by zhq0425
[考研] 材料工程专硕，一志愿中国矿业大学，总分314，求调剂 +5 无懈可击的巨人 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:37 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +5 邱gl 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:37 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大，材料专硕317求调剂 +5 lx8568 2026-03-11 5/250 2026-03-13 21:43 by peike
[考研] 工科，求调剂 +3 我887 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:39 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 277求调剂 +4 anchor17 2026-03-12 4/200 2026-03-13 11:15 by 白夜悠长
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭