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puffy581

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[交流] 【求助】DS中CDOCKER的操作已有3人参与

刚刚开始接触分子对接的问题，现在我刚刚学会libdock和flexible docking
我只知道CDOCKER也是一个柔性对接，但具体的操作时怎么样的？能给我介绍一下么？
在这种对接下，对小分子是怎么处理的，我只是在chemdraw中画了个分子，贴了上去，好像不行啊。

[ Last edited by puffy581 on 2010-3-24 at 13:23 ]

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1楼 2010-03-18 22:16:30

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puffy581(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-29 14:41

CDOCKER是半柔性对接吧，我也是刚接触CDOCKER，在protocol下有一个generate conformation，用这个用该可以吧，它会自动生成很多构象。用chemdraw画完后，保存成mol格式。你的结合位点已知吗？要是已知的话，直接找到结合位点，定义成sphere后，就可以对接了。