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段家一凡木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】提取瘤胃宏基因组DNA，如何避免提到植物的DNA已有1人参与
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| 如题，我想用直接提取法提取瘤胃未培养微生物的宏基因组DNA，用于测序，那么常规提取的话，应该会混有很多植物的DNA，这样宏基因组测序的会测到很多植物的基因组DNA，造成不必要的浪费和测序结果分析的困难。间接提取法（先分离细胞）也是不行的，因为瘤胃纤维素降解微生物应该和植物细胞壁紧密结合，请问怎么可以选择性的提取到微生物的DNA。 |
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段家一凡
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终于遇到了小同行了。据我所知华大在测熊猫的肠道微生物的时候，确实测到了很多竹的基因组DNA，而且量还是很多的，这是一种浪费，而且对后期的宏基因组的基因的注释也是很麻烦的。所以你提到的建议先测一点看看，倒也是比较好的方法。另华大刚报道了人的肠道的宏基因组的测序，达到500G，量应该是所有报导里面最大的了，但是好像没有公布提取的方法，提取的方法引用的一篇文献，该文献也没有介绍方法，基因组的提取只是一句带过，真奇怪，然道该方法需要保密，不介绍方法，这文章怎么可以也能发出来呢，可能他们已经解决了如何去掉或防止污染的植物DNA的方法，不知有谁知道他们所用的详细的方法。 关于瘤胃微生物，针对于植物细胞壁的降解来说的，一般认为与食物紧密结合的微生物才是重要的部分，瘤胃液部分倒不是很重要，所以要解决的问题还是如何从混合物中特异提取微生物的DNA问题。关于你说的纤维素酶的处理，可能也是一个思路，但植物细胞壁含有很多的其他多糖，可能还需添加其他的糖基水解酶类才行，可以尝试。 关于宏cDNA的测序，那可能是下一步的打算，毕竟细菌还是在瘤胃纤维素的降解起主导作用，宏cDNA侧重点还是真菌的方面。非常感谢提到建议，请继续探讨。 |
18楼2010-03-19 00:43:16
段家一凡
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2楼2010-03-15 21:43:18
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3楼2010-03-15 22:27:09
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谢谢。我的是宏基因组测序，宏基因组我解释一下，是一个环境样品所有微生物的的基因组，是一个混合基因组，比如土壤，可能有上1000中细菌和真菌，我的目的就是要吧这一千种微生物的基因组全部的序列都拿到手，当然是理论上的。我现在讲的瘤胃是牛的降解植物性食物的地方，植物性食物是共生其中的微生物降解的，微生物是结合在植物细胞壁的，不是一种菌，可能也是上1000种菌，我的目的是对微生物的基因组测序，而不想测到植物的基因组序列，一般的宏基因组提取方法都不可避免提到植物的DNA，如果提到的植物的DNA多的话，那么最终很大部分的测序就是做的无用功，比如我测得100G的序列，其中植物的占了一半，那不是亏大了。不知我解释清楚没有。我不是测一个基因组，也不是克隆某个基因，使用高通量测序技术如solexa和454对整个的微生物系统做研究。问题的关键是植物和微生物混在一起，有没有只是把微生物的细胞破裂，而植物的细胞没有破裂的一种方法？ |
4楼2010-03-16 00:36:08