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段家一凡木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】提取瘤胃宏基因组DNA，如何避免提到植物的DNA已有1人参与
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| 如题，我想用直接提取法提取瘤胃未培养微生物的宏基因组DNA，用于测序，那么常规提取的话，应该会混有很多植物的DNA，这样宏基因组测序的会测到很多植物的基因组DNA，造成不必要的浪费和测序结果分析的困难。间接提取法（先分离细胞）也是不行的，因为瘤胃纤维素降解微生物应该和植物细胞壁紧密结合，请问怎么可以选择性的提取到微生物的DNA。 |
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lcat
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段家一凡(金币+5):好建议 2010-03-19 00:17
scelab(金币+5):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-04-14 11:01
段家一凡(金币+5):好建议 2010-03-19 00:17
scelab(金币+5):欢迎多来交流！:tiger06: 2010-04-14 11:01
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好多朋友的回答答非所问啊，可能或是不了解宏基因组测序的目的，以为只是想钓某个基因啊、鉴定菌种组成啊什么的，或是不了解DNA测序只认序列不区分物种的特点，我自己的看法是： 1. 虽然没做过实验，我倒觉得基因组提取时不一定会提到大量植物基因组，要是方便的话做个单酶切连接转化，测几十个菌看看比例到底是多少。 2. 很多人用的都是瘤胃液、固形物浸出液，可以去掉粗纤维等，好像是解决了这个问题了，我觉得可能会损失掉吸附性强的菌体，还有进入纤维内的菌也可能出不来，可能会丢失基因资源吧。 3. 我能想到的办法，一个是用过量纤维素酶水解样品，尽量降解植物细胞壁使内容物释放，然后多次洗涤再提取基因组。再一个就是一种设想了，反正植物RNA都降解了，如果我们只是要基因序列的话，是不是可以直接提取样品的总RNA送测序公司纯化mRNA后做宏转录组。不过固形物提取RNA可能在量上不易达到要求，还要求样品必须绝对新鲜，不太容易做到。 大家多发表意见啊。。。 |
17楼2010-03-18 18:06:07
段家一凡
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2楼2010-03-15 21:43:18
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3楼2010-03-15 22:27:09
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谢谢。我的是宏基因组测序，宏基因组我解释一下，是一个环境样品所有微生物的的基因组，是一个混合基因组，比如土壤，可能有上1000中细菌和真菌，我的目的就是要吧这一千种微生物的基因组全部的序列都拿到手，当然是理论上的。我现在讲的瘤胃是牛的降解植物性食物的地方，植物性食物是共生其中的微生物降解的，微生物是结合在植物细胞壁的，不是一种菌，可能也是上1000种菌，我的目的是对微生物的基因组测序，而不想测到植物的基因组序列，一般的宏基因组提取方法都不可避免提到植物的DNA，如果提到的植物的DNA多的话，那么最终很大部分的测序就是做的无用功，比如我测得100G的序列，其中植物的占了一半，那不是亏大了。不知我解释清楚没有。我不是测一个基因组，也不是克隆某个基因，使用高通量测序技术如solexa和454对整个的微生物系统做研究。问题的关键是植物和微生物混在一起，有没有只是把微生物的细胞破裂，而植物的细胞没有破裂的一种方法？ |
4楼2010-03-16 00:36:08