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【求助】写了个MOE的动力学的过程，希望大家批评几句! 已有3人参与
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因为我是初学分子模拟，正好我我们学校有MOE的版权。 所以我试着用MOE为我的同源模型，跑了一个分子动力学的优化。请各位高手看看一下过程，我也不知道该怎么用moe，我想这是通常一般情况下的过程，恳请各位师兄姐，评价一下我有哪些做得不对。可能我有很多不对的地方，也有许多不懂得地方，请提出来。谢谢您了！ 我是想构建了120个氨基酸的蛋白模型，想对它做动力学优化。我不知道对不对，有好多我都不太明白。 首先，我给蛋白用AMBER99力场加氢，修正电荷。然后又给蛋白加了一圆形层的水，最大原子到边界的厚度为7，是在ph7的时候加的。（我不知道怎么加离子，也还不会判断是否电中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先优化外面的水到系统为RMS=1，然后整个放开系统优化到能量最小化，为RMS=0.05。 然后我再开始跑动力学，因为我想到动力学先要吧外面的水跑好吧。所以，我先从50K升温度到310K，用了50ps，选用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。这时候在动力学选项里我选择constrait all bond（这个选项默认的意思除水以外都限制，有lights bond,all bond,none三种情况，我不知道这么做对不对，为什么这样做），有关水的那项，我选择用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升温的过程。 升温完成以后，我继续上次的模拟，我用1个NS，这时我想应该是否选择constrait none 什么都不限制了（为什么,这样对吗）,维持300K, 其它都保持不变，一直到整个过程完，取最后200PS的平均构像。 ( 然后我发现一个问题，不知道怎样去看整个过程RMSD的变化。) 我就想用MOE做个模型优化，我不知道可否这样做！MOE的内容很多，但是没有动力学的列子！ 谢谢大家，祝大家好运！ |
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7楼2010-08-31 16:43:07
dragontj
木虫 (正式写手)
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- 专业: 代谢性疾病药物药理
2楼2010-07-02 15:01:20
3楼2010-08-31 14:36:24
ghcacj:请不要复制别人的回帖和LZ发帖内容。 2010-08-31 15:49:59
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为我是初学分子模拟，正好我我们学校有MOE的版权。 所以我试着用MOE为我的同源模型，跑了一个分子动力学的优化。请各位高手看看一下过程，我也不知道该怎么用moe，我想这是通常一般情况下的过程，恳请各位师兄姐，评价一下我有哪些做得不对。可能我有很多不对的地方，也有许多不懂得地方，请提出来。谢谢您了！ 我是想构建了120个氨基酸的蛋白模型，想对它做动力学优化。我不知道对不对，有好多我都不太明白。 首先，我给蛋白用AMBER99力场加氢，修正电荷。然后又给蛋白加了一圆形层的水，最大原子到边界的厚度为7，是在ph7的时候加的。（我不知道怎么加离子，也还不会判断是否电中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先优化外面的水到系统为RMS=1，然后整个放开系统优化到能量最小化，为RMS=0.05。 然后我再开始跑动力学，因为我想到动力学先要吧外面的水跑好吧。所以，我先从50K升温度到310K，用了50ps，选用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。这时候在动力学选项里我选择constrait all bond（这个选项默认的意思除水以外都限制，有lights bond,all bond,none三种情况，我不知道这么做对不对，为什么这样做），有关水的那项，我选择用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升温的过程。 升温完成以后，我继续上次的模拟，我用1个NS，这时我想应该是否选择constrait none 什么都不限制了（为什么,这样对吗）,维持300K, 其它都保持不变，一直到整个过程完，取最后200PS的平均构像。 ( 然后我发现一个问题，不知道怎样去看整个过程RMSD的变化。) 我就想用MOE做个模型优化，我不知道可否这样做！MOE的内容很多，但是没有动力学的列子！ 谢谢大家，祝大家好运！ 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1880455&fpage=1 |
4楼2010-08-31 15:14:45
