| 查看: 2053 | 回复: 6 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】写了个MOE的动力学的过程，希望大家批评几句! 已有3人参与
|
|||
|
因为我是初学分子模拟，正好我我们学校有MOE的版权。 所以我试着用MOE为我的同源模型，跑了一个分子动力学的优化。请各位高手看看一下过程，我也不知道该怎么用moe，我想这是通常一般情况下的过程，恳请各位师兄姐，评价一下我有哪些做得不对。可能我有很多不对的地方，也有许多不懂得地方，请提出来。谢谢您了！ 我是想构建了120个氨基酸的蛋白模型，想对它做动力学优化。我不知道对不对，有好多我都不太明白。 首先，我给蛋白用AMBER99力场加氢，修正电荷。然后又给蛋白加了一圆形层的水，最大原子到边界的厚度为7，是在ph7的时候加的。（我不知道怎么加离子，也还不会判断是否电中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先优化外面的水到系统为RMS=1，然后整个放开系统优化到能量最小化，为RMS=0.05。 然后我再开始跑动力学，因为我想到动力学先要吧外面的水跑好吧。所以，我先从50K升温度到310K，用了50ps，选用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。这时候在动力学选项里我选择constrait all bond（这个选项默认的意思除水以外都限制，有lights bond,all bond,none三种情况，我不知道这么做对不对，为什么这样做），有关水的那项，我选择用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升温的过程。 升温完成以后，我继续上次的模拟，我用1个NS，这时我想应该是否选择constrait none 什么都不限制了（为什么,这样对吗）,维持300K, 其它都保持不变，一直到整个过程完，取最后200PS的平均构像。 ( 然后我发现一个问题，不知道怎样去看整个过程RMSD的变化。) 我就想用MOE做个模型优化，我不知道可否这样做！MOE的内容很多，但是没有动力学的列子！ 谢谢大家，祝大家好运！ |
回复此楼» 猜你喜欢
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有46人回复
-
各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。
已经有4人回复
-
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有16人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有11人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有4人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有8人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有37人回复
-
好奇怪的filecode
已经有7人回复
-
filecode
已经有9人回复
-
请教兼职经验
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请大家看一下我的催化甲醇氧化的图帮忙分析下
已经有19人回复
- 求助一句英译汉，谢谢大家
已经有2人回复
- 教你轻松几步去除恼人的黑头， 烦人黑头不再烦心咯。。。
已经有3人回复
- 药代动力学相关的几个PPT，外出培训所得
已经有349人回复
- 投分析科学学报求助，急急急！！！谢谢大家了
已经有4人回复
- 博士考试的同学，你考了几个学校？
已经有14人回复
- 【交流】读药物安全性评价的博士好呢还是药物代谢动力学方面的博士好呢
已经有19人回复
- 【交流】【评论】大家认为计算机模拟(相场、分子动力学等)比实验难做么???
已经有19人回复
- 讨论下如何撰写项目资助计划书吧！
已经有7人回复
ghcacj:请不要复制别人的回帖和LZ发帖内容。 2010-08-31 15:49:59
|
为我是初学分子模拟，正好我我们学校有MOE的版权。 所以我试着用MOE为我的同源模型，跑了一个分子动力学的优化。请各位高手看看一下过程，我也不知道该怎么用moe，我想这是通常一般情况下的过程，恳请各位师兄姐，评价一下我有哪些做得不对。可能我有很多不对的地方，也有许多不懂得地方，请提出来。谢谢您了！ 我是想构建了120个氨基酸的蛋白模型，想对它做动力学优化。我不知道对不对，有好多我都不太明白。 首先，我给蛋白用AMBER99力场加氢，修正电荷。然后又给蛋白加了一圆形层的水，最大原子到边界的厚度为7，是在ph7的时候加的。（我不知道怎么加离子，也还不会判断是否电中性） 然后我用500的力量固定蛋白，先优化外面的水到系统为RMS=1，然后整个放开系统优化到能量最小化，为RMS=0.05。 然后我再开始跑动力学，因为我想到动力学先要吧外面的水跑好吧。所以，我先从50K升温度到310K，用了50ps，选用NVT algorithrm用NPA(什么意思）。这时候在动力学选项里我选择constrait all bond（这个选项默认的意思除水以外都限制，有lights bond,all bond,none三种情况，我不知道这么做对不对，为什么这样做），有关水的那项，我选择用rigid（不知道什么意思），然后用50PS跑跑升温的过程。 升温完成以后，我继续上次的模拟，我用1个NS，这时我想应该是否选择constrait none 什么都不限制了（为什么,这样对吗）,维持300K, 其它都保持不变，一直到整个过程完，取最后200PS的平均构像。 ( 然后我发现一个问题，不知道怎样去看整个过程RMSD的变化。) 我就想用MOE做个模型优化，我不知道可否这样做！MOE的内容很多，但是没有动力学的列子！ 谢谢大家，祝大家好运！ 本文来自: 小木虫论坛 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1880455&fpage=1 |
4楼2010-08-31 15:14:45
dragontj
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1511.9
- 散金: 15
- 红花: 1
- 帖子: 538
- 在线: 370小时
- 虫号: 159220
- 注册: 2006-01-07
- 性别: GG
- 专业: 代谢性疾病药物药理
2楼2010-07-02 15:01:20
3楼2010-08-31 14:36:24
5楼2010-08-31 15:15:11
