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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】急！！关于comfa晶体结构的处理
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】急！！关于comfa晶体结构的处理

俄在做一组化合物的comfa当中，找到了母核的晶体结构，在高斯里以晶体结构为母板，画这组化合物，并用高斯的PM3优化了
            

            可不可以把优化后的结果当作是Sample Text最优构象
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1楼 2010-03-14 10:01:19
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
是的，呵呵，我现在把画好的结构，MINIMIZE后再做

     结果，好了很多，上了0。5，也看到有篇文献用了类似方法
   
                  不知道，还有没有其它的好方法呢？
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3楼2010-03-14 12:58:43
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★
绿茶QJM(金币+2): 2010-03-14 12:56
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 12:57
绿茶QJM(金币+1): 2010-05-04 10:53
最优构象是你在数据集有最好统计指标的构象，并不一定是现在优化后的构象
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2楼2010-03-14 11:32:32
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-14 15:00
绿茶QJM(金币+1): 2010-05-04 10:53
可以先做DOCK，然后把优化后的构象来做COMFA，有许多类似工作的报道。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-03-14 13:52:37
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