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小qiqi

铁虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于颈环状DNA探针

请问颈环状分子信标用一段与环部互补的DNA片段打开以后,条件不变的情况下,除去这段互补片段,分子信标还能恢复成颈环状么?谢谢
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)


小qiqi(金币+1): 2010-02-20 10:25
amisking(金币+1): 2010-02-20 10:28
可以,看你怎么控制好温度、pH、盐强度的条件
2楼2010-02-20 10:11:20
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小qiqi

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-02-20 10:11:20:
可以,看你怎么控制好温度、pH、盐强度的条件

因为这个DNA片段是通过巯基修饰在金电极上,所以条件不能有太大的改变,如果条件不变,能够恢复么?谢谢
3楼2010-02-20 10:26:38
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

★ ★
小qiqi(金币+2): 2010-02-21 21:34
amisking(金币+2): 2010-02-21 21:38
引用回帖:
Originally posted by 小qiqi at 2010-02-20 10:26:38:

因为这个DNA片段是通过巯基修饰在金电极上,所以条件不能有太大的改变,如果条件不变,能够恢复么?谢谢

那么杂交的时候就应该先加入外源DNA片段,加热,缓慢降温
去掉的话,就应该加热,洗脱,降温,反复几次以去干净
理论上最后的探针就还是茎环的单链
4楼2010-02-21 20:46:39
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小qiqi

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-02-21 20:46:39:


那么杂交的时候就应该先加入外源DNA片段,加热,缓慢降温
去掉的话,就应该加热,洗脱,降温,反复几次以去干净
理论上最后的探针就还是茎环的单链

加入的与颈部互补的片段不用改变条件而是用加入核酸外切酶的方式能去掉吗?如果加热的话,颈环状DNA也有可能从电极上解离下来
5楼2010-02-21 21:36:16
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

小qiqi(金币+1):非常感谢~ 2010-02-23 00:02
引用回帖:
Originally posted by 小qiqi at 2010-02-21 21:36:16:

加入的与颈部互补的片段不用改变条件而是用加入核酸外切酶的方式能去掉吗?如果加热的话,颈环状DNA也有可能从电极上解离下来

要不试试T7吧,NEB的资料:

概述
本酶作用于双链 DNA,沿 5´→3´方向催化去除 5´单核苷酸,它既能从 5´末端起始消化,也能从双链 DNA 的切刻或缺口处起始消化(1) 。它既能降解 5´磷酸化DNA也能降解5´去磷酸化 DNA。据报道,它能沿 5´→3´方向降解 RNA/DNA 杂交双链上的 RNA 或 DNA,但不能降解双链或单链 RNA(2) 。该酶是 T7 噬菌体基因 6 的产物。


假设电极连着探针的5端,那么有可能形成空间位阻使得酶无法切割探针而只能切外源的DNA,当然具体能否实现你得自己试试了

还有就是,如果不加热而直接进行杂交的话,我觉得成功率会比较低,除非你的环够大同时是线性的,或者经过类似锁核酸LNA修饰以增强刚性,同时你的外源DNA结构也不能太复杂,线性是最好的
6楼2010-02-21 23:44:34
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小qiqi

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 三磷酸腺苷 at 2010-02-21 23:44:34:


要不试试T7吧,NEB的资料:

概述
本酶作用于双链 DNA,沿 5´→3´方向催化去除 5´单核苷酸,它既能从 5´末端起始消化,也能从双链 DNA 的切刻或缺口处起始消化(1 ...

哦,谢谢啊,我查一下噬菌体酶
7楼2010-02-23 00:02:55
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