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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【求助】关于CIF文件中的A类错误
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trixaypm

木虫 (职业作家)

枯藤老树昏虫兼小木虫清洁工

[交流] 【求助】关于CIF文件中的A类错误

1. 我有一个晶体,解完之后是两个分子,在Hg里面看,一个晶体里面含有两个分子,这是意味着Z值应该为2吗? 这种一个晶胞里面有两个分子,那我的CIF中的分子量,和分子式应该按一个分子来写还是两个分子?

2.  测晶体的时候没有记录晶体尺寸数据,造成check的时候有A类错误,这严重吗?影响发表吗?我不是主要发结构的,但是是投organometallics

3.  别人给我解的一个晶体, 结构解出来了,R值以及Goof都在合理的范围内,但是CIF文件里面的分子式是乱写的,这是怎么回事儿啊? 这样正常吗? check的时候自然会有A类错误,如果改了分子式,那么其它的值自己也要随之变动. 这样的的情况我应该怎么办?

4. 有一个晶体的吸收校正方式没有记录, 在哪个文件里面可以找到,这个晶体是用的哪种吸收校正方式吗?

问题比较多, 很着急啊, 希望年前能搞完, 大家多帮忙啊, 谢谢大家了.
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1楼 2010-02-08 21:02:13
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水晶鞋

铜虫 (小有名气)
trixaypm(金币+5):谢谢关注,分子式和解出来的结构根本就一点儿也对不上.我现在应该做些什么呢? 2010-02-08 22:01
我对（2）和（3）的一点儿看法，希望能有帮助！（2）晶体尺寸不是主要的，可以估计一下吧！
（3）分子式不能乱写的，可以在精修时根据Z值和实际原子数准确输入，这样cif产生的分子式就是正确的，其它的值也不会有太大的变动。
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2楼2010-02-08 21:20:50
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forever1706

禁虫 (知名作家)
trixaypm(金币+35):非常感谢. 吸收校正方式,我写multi-scan会出现两个A类错误:PLAT058_ALERT_1_A Maximum Transmission Factor Missing ............ ?填none就好了,是不是意味着,没有做吸收校正呢? 2010-02-09 11:14
个人观点：

1. 你所看到的是一个最小不对称单元，z值是几取决于你想要的分子式：举例，如果你的分子中含一个Fe,那么最小不对称单元中有两个Fe, 再看晶胞，在lst文件中有，比如有四个Fe,那么Z值就是4。说白了，Z值是一个晶胞中的分子数，跟最小不对称单元中含几个分子没有直接关系。最小不对称单元中有几个分子取决于对称性。

2. 晶体尺寸最好能知道，实在不知道的话就估计吧，别空着，不影响发表文章。如果有记录，应该在pcf文件中。

3. 看来你不太会解结构，如果结果已经精修完全，即完全收敛，那么只改分子式，不影响其他结果；如果没有精修完全，则再次精修会对很多数据有微小的影响。从lst文件中找到晶胞中的各个原子的数目，改到ins文件中，改Z值，然后再精修。注意重新生成cif。

4. 校正方法在pcf文件中找，如果没有，就写multi-scan.

祝顺利 。

[ Last edited by forever1706 on 2010-2-9 at 10:48 ]
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3楼2010-02-09 10:17:26
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forever1706

禁虫 (知名作家)
如果你着急修改，应该找个明白人帮你弄弄，简单的问题不费事的。
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4楼2010-02-09 10:25:59
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forever1706

禁虫 (知名作家)
★ ★
eeqeeq0002(金币+2):谢谢 参与 2010-02-09 20:38
trixaypm(金币+15):非常感谢，都给你吧。 2010-02-10 01:03
PLAT058_ALERT_1_A Maximum Transmission Factor Missing ............ ?填none就好了,是不是意味着,没有做吸收校正呢?

你说的这个错误是由于精修的时候没有把晶体尺寸写如ins文件，如果加进去再精修，就能算出那两个数据，错误就没了。
_exptl_absorpt_correction_type    multi-scan
_exptl_absorpt_correction_T_min   0.6453
_exptl_absorpt_correction_T_max   0.8296
_exptl_absorpt_process_details    SADABS

中间那两个数据，如果你的size是估计出来的，那么这两个数据就不太准确，check后会给出platon计算出的结果。

例如：Tmin,Tmax        0.969,0.978        0.645,0.830

前面是platon计算出来的，后面是cif中报道的。这个时候也可以再对cif中的这两个数据做出修改。
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5楼2010-02-09 11:27:37
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dongyang5028

金虫 (正式写手)
★ ★
trixaypm(金币+5):谢谢啊,请看站内信息. 2010-02-09 15:05
eeqeeq0002(金币+2):谢谢 参与 2010-02-10 20:44
告诉你个最简单的方法，
第一步，你要XCIF，这样晶体的尺寸，衍射方法，数据信息才能上去
第二步，你去网上CHECK,在GOOGLE当中，输入CHECKCIF，然后点击第一个出现的网址。
第三步，按照CHECK的结果，理论计算出的结果，填入到你CIF当中去。
你的错误就可以消失了，试试吧。
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6楼2010-02-09 14:56:36
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dongyang5028

金虫 (正式写手)
上面几个高手说的方法比较难，对于我们这样的菜鸟级学生，还是这样来的容易一些。
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7楼2010-02-09 14:57:18
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zhaoyangqufu

至尊木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by forever1706 at 2010-02-09 10:17:26:
个人观点：

1. 你所看到的是一个最小不对称单元，z值是几取决于你想要的分子式：举例，如果你的分子中含一个Fe,那么最小不对称单元中有两个Fe, 再看晶胞，在lst文件中有，比如有四个Fe,那么Z值就是4。说白了， ...

为什么没人给金币啊！呵呵
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8楼2010-02-10 10:47:17
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forever1706

禁虫 (知名作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhaoyangqufu at 2010-02-10 10:47:17:

为什么没人给金币啊！呵呵

楼上啥意思啊?不懂。
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9楼2010-02-10 10:51:11
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