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yyx19840628木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
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【求助】DS轨迹可以放到VMD吗 已有1人参与
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1、溶剂化得时候是使用默认的7 但边长是多少呢？ 一般看文章好像说明了。 自己也不知道。 2、还有请问VMD可以分析DS跑完的轨迹吗？msv的那个文件。 我要看两个质心之间的距离，DS好像只能显示一个质心。不知道怎么弄。 3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 这段里面MM方法优化请问怎么在DS里做。还是在高斯里做。 |
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2楼2010-03-23 10:47:52
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 10:05:00
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 10:05:00
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3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 这段里面MM方法优化请问怎么在DS里做。还是在高斯里做。 ------------------------------------------------ 高斯里面的MM好像还没DS好吧…… 我用DS的时候，是有个“minimization”模块的，就是用于优化。这个minimization优化之前需要加力场，还有优化函数的选择。因为我做的是多肽，一般先用最陡下降法，然后用共轭梯度法。这个优化函数的选择，一般都有适当建议的。 |
3楼2010-05-30 09:54:37
yyx19840628
木虫 (著名写手)
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