| 查看: 700 | 回复: 3 | |||
yyx19840628木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
|
[交流]
【求助】DS轨迹可以放到VMD吗 已有1人参与
|
|
1、溶剂化得时候是使用默认的7 但边长是多少呢？ 一般看文章好像说明了。 自己也不知道。 2、还有请问VMD可以分析DS跑完的轨迹吗？msv的那个文件。 我要看两个质心之间的距离，DS好像只能显示一个质心。不知道怎么弄。 3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 这段里面MM方法优化请问怎么在DS里做。还是在高斯里做。 |
回复此楼» 猜你喜欢
青基如何破局
已经有4人回复
-
基金不中，共勉
已经有8人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有5人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有5人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有5人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
-
面上合作单位盖章
已经有3人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何把lammps的轨迹文件转化为视频呢？
已经有3人回复
- LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
- vmd如何远程加载分子动力学轨迹？
已经有9人回复
- 【分享】分子模拟中作图和看轨迹的软件vmd windows版下载及使用手册
已经有13人回复
2楼2010-03-23 10:47:52
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 10:05:00
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-05-30 10:05:00
|
3、The starting structures of the MD simulations were prepared with molecular mechanics (MM) optimizations, using the consistent-valence force-field (CVFF) 这段里面MM方法优化请问怎么在DS里做。还是在高斯里做。 ------------------------------------------------ 高斯里面的MM好像还没DS好吧…… 我用DS的时候，是有个“minimization”模块的，就是用于优化。这个minimization优化之前需要加力场，还有优化函数的选择。因为我做的是多肽，一般先用最陡下降法，然后用共轭梯度法。这个优化函数的选择，一般都有适当建议的。 |
3楼2010-05-30 09:54:37
yyx19840628
木虫 (著名写手)
鹰的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.41
- 金币: 3521.9
- 散金: 50
- 红花: 8
- 帖子: 2321
- 在线: 129小时
- 虫号: 508615
- 注册: 2008-02-21
- 性别: MM
- 专业: 环境污染化学
4楼2016-01-17 20:34:01
