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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】问个弱弱的有关coMFA的问题
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mop

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】问个弱弱的有关coMFA的问题 已有1人参与

想了解一下coMFA进行优化的时候，得到的是什么？
优化的时候是否只是考虑了被优化分子，不考虑其所处的环境，即不是像分子对接那样考虑分子之间的相互作用

[ Last edited by mop on 2010-1-29 at 10:08 ]
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1楼 2010-01-28 23:39:48
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-01-29 16:01
建议你先看看计算机辅助药物设计的书吧。
徐筱杰或者蒋华良的都可以。
讨论CoMFA比较深入的，要看李仁利的《药物构效关系》。

冬眠中......
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5楼2010-01-29 11:30:39
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-01-29 10:00
mop(金币+1):谢谢 2010-01-29 10:05
CoMFA，是“不知道受体”的情况下，把某些小分子（神秘的说法，叫“探针”，其实，就是C正离子、质子，或者其他一些小东西），放在配体分子周围的某些位置上，计算探针与配体原子的相互作用。而这些位置，则是事先设置一个包络了配体分子的长方形空间，然后划分出很多格点，探针的位置就放在格点上。

CoMFA无法计算配体与受体的相互作用。但是，却可以比较不同的配体与相同的探针之间的相互作用。
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3楼2010-01-29 09:46:30
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mop

木虫 (小有名气)

那么

CoMFA计算得到的是什么值？ 和用其他软件，如CODESSA、DRAGON计算得到的 descriptor有什么区别没有？
另外的，这里的配体分子实际是被研究物质了？
用这些小分子有什么价值？

有什么合适的参考文献 推荐？
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4楼2010-01-29 10:08:08
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碧落红妆

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-07 17:54
comfa是基于配体的药物分子设计。
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8楼2010-04-07 17:12:55
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