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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算
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linggang87

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算

请教各位一个问题：
用VASP做第一原理分子动力学计算之后，想根据RMSD判断体系是否平衡，但不知如何计算，忘高手不吝指教。
目前本人知道RMSD计算可利用VMD，但可能需要trajectory文件，不知如何得到。另外 VMD手册中提到了 print_rmsd_through_time ，但不知如何运用。忘熟知VMD或有过类似经验的指教。
Thanks in advance！
参考网址
http://www.vislab.uq.edu.au/users/manuals/vmd_ug/node180.html

[ Last edited by linggang87 on 2010-1-24 at 21:51 ]
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1楼 2010-01-24 21:28:23
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
linggang87(金币+2):Thanks 1-24 21:48
qasd(金币+2):xiexie~ 1-25 20:55
XDATCAR就是轨迹文件
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2楼2010-01-24 21:32:17
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linggang87

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-1-24 21:32:
XDATCAR就是轨迹文件

哦，这个和vasprun.xml都可以读取，看原子的移动。
但进一步怎么做啊。如何得到RMSD
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3楼2010-01-24 21:48:36
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
linggang87(金币+3):谢谢，还望详细点~~ 1-25 11:10
ice_rain(金币+1):谢谢~ 1-27 18:26
VMD里面就有命令，很容易，你看一下说明书就可以搞定
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4楼2010-01-24 22:17:00
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linggang87

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-01-24 22:17:00:
VMD里面就有命令，很容易，你看一下说明书就可以搞定

请高手先来帮我解决这个问题，帖子里面链接中的一个例子的运行：
参照手册中的以下部分：
simulation example script
Here's a longer script which you might find useful. The problem is to compute the RMSD between each frame of the simulation and the first frame. Usually in a simulation there is no initial global velocity, so the center of mass doesn't move, but because of angular rotations and because of numerical imprecisions that slowly build up, the script aligns the molecule before computing its RMSD.        
# Prints the RMSD of the protein atoms between each \timestep        
# and the first \timestep for the given molecule id (default: top)        
proc print_rmsd_through_time {{mol top}} {               
# use frame 0 for the reference               
set reference [atomselect $mol "protein" frame 0]               
# the frame being compared               
set compare [atomselect $mol "protein"]               
set num_steps [molinfo $mol get numframes]               
for {set frame 0} {$frame < $num_steps} {incr frame} {            
  # get the correct frame                 
  $compare frame $frame                        
# compute the transformation                        
set trans_mat [measure fit $compare $reference]                        
# do the alignment                        
$compare move $trans_mat                        
# compute the RMSD                        
set rmsd [measure rmsd $compare $reference]                        
# print the RMSD                        
puts "RMSD of $frame is $rmsd"                }        }
To use this, load a molecule with an animation (for example, $VMDDIR/proteins/alanin.DCD from the VMD distribution). Then run print_rmsd_through_time. Example output is shown here:
vmd > print_rmsd_through_time
RMSD of 0 is 0.000000
RMSD of 1 is 1.060704
RMSD of 2 is 0.977208RMSD
[...]
我首先按照说明 导入$VMDDIR/proteins/alanin. 然后在console 运行了print_rmsd_through_time，但结果显示 measure fit: no atoms selected。
能不能帮我运行一下找到解决方法。不胜感激！
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5楼2010-01-25 11:09:19
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linggang87

银虫 (小有名气)
★
ice_rain(金币+1):奖励讨论 1-27 18:27
引用回帖:
Originally posted by linggang87 at 2010-01-25 11:09:19:

请高手先来帮我解决这个问题，帖子里面链接中的一个例子的运行：
参照手册中的以下部分：
simulation example script
Here's a longer script which you might find useful. The problem is to compute the ...

解决了。
原来 atomselect $mol "protein" frame 0 中“protein”指的是体系中的一部分，不是什么文件名，我的体系本来没有protein，所以显示 not select。
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6楼2010-01-27 14:47:54
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freer007

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by linggang87 at 2010-01-27 14:47:54:

解决了。
原来 atomselect $mol "protein" frame 0 中“protein”指的是体系中的一部分，不是什么文件名，我的体系本来没有protein，所以显示 not select。

您好！请问您是怎么解决的。我也遇到了同样的问题。附图中是我输入POSCAR和XDATCAR后的对话框，但我点按钮“Align” 之后也出现了同样的error。与教程相比，我的avg，sd等列没有值，这个可能就是问题所在，但我不知道该如何加上去。 请指点
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7楼2010-01-28 13:53:39
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linggang87

银虫 (小有名气)
★ ★
wuchenwf(金币+2):xiexie 2010-01-29 09:34
引用回帖:
Originally posted by freer007 at 2010-01-28 13:53:39:

您好！请问您是怎么解决的。我也遇到了同样的问题。附图中是我输入POSCAR和XDATCAR后的对话框，但我点按钮“Align” 之后也出现了同样的error。与教程相比，我的avg，sd等列没有值，这个可能就是问题所在，但我 ...

我用的是脚本，感觉挺方便的，发了个资源帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1824241&fpage=1
请看一下吧。
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8楼2010-01-28 16:44:20
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
linggang87(金币+2): 2010-01-29 09:47
VMD一般情况下在分子模拟的人中应用较多，用vasp做MD本来就不是特别多，处理XDATCAR的感觉就更少了，所以我觉得VMD一般还是那些做经典分子动力学的人用的熟，建议楼上的二位去他们那边问问。另外，MSD、RMSD的算法不太难，自己编程也是可以的  

[ Last edited by wuchenwf on 2010-1-29 at 09:38 ]
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9楼2010-01-29 09:36:43
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by linggang87 at 2010-01-28 16:44:20:

我用的是脚本，感觉挺方便的，发了个资源帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1824241&fpage=1
请看一下吧。

不过LZ，你在1楼说想通过RMSD判断体系是否平衡，我觉得挺有意思，你怎么判断呢？
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10楼2010-01-29 09:38:24
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