Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 09:36:43:
VMD一般情况下在分子模拟的人中应用较多，用vasp做MD本来就不是特别多，处理XDATCAR的感觉就更少了，所以我觉得VMD一般还是那些做经典分子动力学的人用的熟，建议楼上的二位去他们那边问问。另外，MSD、RMSD的算法 ...

Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 09:38:24:



不过LZ，你在1楼说想通过RMSD判断体系是否平衡，我觉得挺有意思，你怎么判断呢？

Originally posted by linggang87 at 2010-01-29 09:50:35:

做步长与RMSD曲线，趋于平缓（收敛）就可以了吧。另外温度和能量也可以判断，二者围绕均值规律起伏，如果体系较小，起伏会很大，感觉不是很方便。

Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 16:02:28:



vasp的体系肯定大不了，所以温度、压力的涨落相对于经典MD来说会有较大的涨落是肯定的。另外，实际模拟过程中也和取的步长有较大的关系。
不过就MD来说，达到平衡肯定是一个很好的目标。但是现在做的过程中 ...