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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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linggang87

银虫 (小有名气)

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Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 09:36:43:
VMD一般情况下在分子模拟的人中应用较多,用vasp做MD本来就不是特别多,处理XDATCAR的感觉就更少了,所以我觉得VMD一般还是那些做经典分子动力学的人用的熟,建议楼上的二位去他们那边问问。另外,MSD、RMSD的算法 ...

呵呵,对,自己编程当然可以,不过本人还不具备这种能力,另一方面就像版主所说,做MD的已经对此做的挺多了,感觉直接拿来用就好。
不过,现在用VASP做BOMD的很不少了,相比CPMD, vasp效率和应用广泛性都要高。
11楼2010-01-29 09:46:38
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linggang87

银虫 (小有名气)

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Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 09:38:24:



不过LZ,你在1楼说想通过RMSD判断体系是否平衡,我觉得挺有意思,你怎么判断呢?

做步长与RMSD曲线,趋于平缓(收敛)就可以了吧。另外温度和能量也可以判断,二者围绕均值规律起伏,如果体系较小,起伏会很大,感觉不是很方便。
12楼2010-01-29 09:50:35
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)

linggang87(金币+2): 2010-01-29 23:00
引用回帖:
Originally posted by linggang87 at 2010-01-29 09:50:35:

做步长与RMSD曲线,趋于平缓(收敛)就可以了吧。另外温度和能量也可以判断,二者围绕均值规律起伏,如果体系较小,起伏会很大,感觉不是很方便。

vasp的体系肯定大不了,所以温度、压力的涨落相对于经典MD来说会有较大的涨落是肯定的。另外,实际模拟过程中也和取的步长有较大的关系。
不过就MD来说,达到平衡肯定是一个很好的目标。但是现在做的过程中谁又会去考虑呢,这个也是方法的缺陷。
13楼2010-01-29 16:02:28
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linggang87

银虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-01-29 16:02:28:



vasp的体系肯定大不了,所以温度、压力的涨落相对于经典MD来说会有较大的涨落是肯定的。另外,实际模拟过程中也和取的步长有较大的关系。
不过就MD来说,达到平衡肯定是一个很好的目标。但是现在做的过程中 ...

看别人文章时都说是2-3ps就达到平衡了,然后用更长的时间统计取值。本人还没有系统的做过。不晓得实际操作过程怎么样。。。
14楼2010-01-29 22:59:44
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