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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算
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linggang87

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算

请教各位一个问题：
用VASP做第一原理分子动力学计算之后，想根据RMSD判断体系是否平衡，但不知如何计算，忘高手不吝指教。
目前本人知道RMSD计算可利用VMD，但可能需要trajectory文件，不知如何得到。另外 VMD手册中提到了 print_rmsd_through_time ，但不知如何运用。忘熟知VMD或有过类似经验的指教。
Thanks in advance！
参考网址
http://www.vislab.uq.edu.au/users/manuals/vmd_ug/node180.html

[ Last edited by linggang87 on 2010-1-24 at 21:51 ]
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1楼 2010-01-24 21:28:23
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
linggang87(金币+2): 2010-01-29 23:00
引用回帖:
Originally posted by linggang87 at 2010-01-29 09:50:35:

做步长与RMSD曲线，趋于平缓（收敛）就可以了吧。另外温度和能量也可以判断，二者围绕均值规律起伏，如果体系较小，起伏会很大，感觉不是很方便。

vasp的体系肯定大不了，所以温度、压力的涨落相对于经典MD来说会有较大的涨落是肯定的。另外，实际模拟过程中也和取的步长有较大的关系。
不过就MD来说，达到平衡肯定是一个很好的目标。但是现在做的过程中谁又会去考虑呢，这个也是方法的缺陷。
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13楼2010-01-29 16:02:28
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
linggang87(金币+2):Thanks 1-24 21:48
qasd(金币+2):xiexie~ 1-25 20:55
XDATCAR就是轨迹文件
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2楼2010-01-24 21:32:17
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linggang87

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wuchenwf at 2010-1-24 21:32:
XDATCAR就是轨迹文件

哦，这个和vasprun.xml都可以读取，看原子的移动。
但进一步怎么做啊。如何得到RMSD
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-24 21:48:36
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wuchenwf

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★ ★
linggang87(金币+3):谢谢，还望详细点~~ 1-25 11:10
ice_rain(金币+1):谢谢~ 1-27 18:26
VMD里面就有命令，很容易，你看一下说明书就可以搞定
赞一下(14人) 回复此楼
4楼2010-01-24 22:17:00
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