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linggang87

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[交流] 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算

请教各位一个问题：
用VASP做第一原理分子动力学计算之后，想根据RMSD判断体系是否平衡，但不知如何计算，忘高手不吝指教。
目前本人知道RMSD计算可利用VMD，但可能需要trajectory文件，不知如何得到。另外 VMD手册中提到了 print_rmsd_through_time ，但不知如何运用。忘熟知VMD或有过类似经验的指教。
Thanks in advance！
参考网址
http://www.vislab.uq.edu.au/users/manuals/vmd_ug/node180.html

[ Last edited by linggang87 on 2010-1-24 at 21:51 ]

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1楼 2010-01-24 21:28:23

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linggang87

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引用回帖:

Originally posted by wuchenwf at 2010-01-24 22:17:00:
VMD里面就有命令，很容易，你看一下说明书就可以搞定

请高手先来帮我解决这个问题，帖子里面链接中的一个例子的运行：
参照手册中的以下部分：
simulation example script
Here's a longer script which you might find useful. The problem is to compute the RMSD between each frame of the simulation and the first frame. Usually in a simulation there is no initial global velocity, so the center of mass doesn't move, but because of angular rotations and because of numerical imprecisions that slowly build up, the script aligns the molecule before computing its RMSD.
# Prints the RMSD of the protein atoms between each \timestep
# and the first \timestep for the given molecule id (default: top)
proc print_rmsd_through_time {{mol top}} {
# use frame 0 for the reference
set reference [atomselect $mol "protein" frame 0]
# the frame being compared
set compare [atomselect $mol "protein"]
set num_steps [molinfo $mol get numframes]
for {set frame 0} {$frame < $num_steps} {incr frame} {
  # get the correct frame
  $compare frame $frame
# compute the transformation
set trans_mat [measure fit $compare $reference]
# do the alignment
$compare move $trans_mat
# compute the RMSD
set rmsd [measure rmsd $compare $reference]
# print the RMSD
puts "RMSD of $frame is $rmsd"             }       }
To use this, load a molecule with an animation (for example, $VMDDIR/proteins/alanin.DCD from the VMD distribution). Then run print_rmsd_through_time. Example output is shown here:
vmd > print_rmsd_through_time
RMSD of 0 is 0.000000
RMSD of 1 is 1.060704
RMSD of 2 is 0.977208RMSD
[...]
我首先按照说明导入$VMDDIR/proteins/alanin. 然后在console 运行了print_rmsd_through_time，但结果显示 measure fit: no atoms selected。
能不能帮我运行一下找到解决方法。不胜感激！