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linggang87

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[交流] 【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算

请教各位一个问题：
用VASP做第一原理分子动力学计算之后，想根据RMSD判断体系是否平衡，但不知如何计算，忘高手不吝指教。
目前本人知道RMSD计算可利用VMD，但可能需要trajectory文件，不知如何得到。另外 VMD手册中提到了 print_rmsd_through_time ，但不知如何运用。忘熟知VMD或有过类似经验的指教。
Thanks in advance！
参考网址
http://www.vislab.uq.edu.au/users/manuals/vmd_ug/node180.html

[ Last edited by linggang87 on 2010-1-24 at 21:51 ]

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1楼 2010-01-24 21:28:23

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linggang87

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★ ★
wuchenwf(金币+2):xiexie 2010-01-29 09:34

引用回帖:

Originally posted by freer007 at 2010-01-28 13:53:39:

您好！请问您是怎么解决的。我也遇到了同样的问题。附图中是我输入POSCAR和XDATCAR后的对话框，但我点按钮“Align” 之后也出现了同样的error。与教程相比，我的avg，sd等列没有值，这个可能就是问题所在，但我 ...

我用的是脚本，感觉挺方便的，发了个资源帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1824241&fpage=1
请看一下吧。