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linggang87银虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】VASP第一原理分子动力学后的RMSD计算
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请教各位一个问题： 用VASP做第一原理分子动力学计算之后，想根据RMSD判断体系是否平衡，但不知如何计算，忘高手不吝指教。 目前本人知道RMSD计算可利用VMD，但可能需要trajectory文件，不知如何得到。另外 VMD手册中提到了 print_rmsd_through_time ，但不知如何运用。忘熟知VMD或有过类似经验的指教。 Thanks in advance！ 参考网址 http://www.vislab.uq.edu.au/users/manuals/vmd_ug/node180.html [ Last edited by linggang87 on 2010-1-24 at 21:51 ] |
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wuchenwf(金币+2):xiexie 2010-01-29 09:34
wuchenwf(金币+2):xiexie 2010-01-29 09:34
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我用的是脚本，感觉挺方便的，发了个资源帖 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1824241&fpage=1 请看一下吧。 |
8楼2010-01-28 16:44:20
wuchenwf
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