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taoran2099

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】求助荧光定量PCR实验问题

我在做荧光定量PCR实验(样品中DNA的绝对定量,SYBR Green染料法)时,遇到了一个问题:有一个基因无法定量,无论是自己构建的标准质粒还是样品,经过10倍梯度稀释后,做荧光定量时,所有的样品Ct值都集中在15附近,无法得到标准曲线。理想情况下,样品的浓度减小,Ct值应该会增大;浓度每减小10倍,Ct值应增大3.2左右。我换用反应试剂,重新配置引物后还是如此。
       后来发现我做荧光定量PCR的7个基因中(扩增产物均在250bp以下),只有这个基因选用的引物其中一条引物中有2个兼并碱基(其他6个基因的引物没有兼并碱基,都可以很好的扩增和定量)。我想问题是不是出在这里?做荧光定量PCR的引物是不是严格要求不能有兼并碱基?或是其他的原因导致无法定量?
       请高手为小弟答疑解惑,感激不尽!
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
建议用普通点用检测一下PCR产物,看条带是否单一,我怀疑是有非特异性扩增
5楼2010-01-16 21:47:40
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沙中清泉

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0): 1-16 18:03
这个情况是很奇怪哦,没遇到过,兼并碱基是什么意思
2楼2010-01-16 14:47:55
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ljwei_163

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0): 1-16 18:03
用兼并引物会不会产生非特异性扩增啊?难道是这个原因造成的?
期待高手
3楼2010-01-16 16:13:55
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taoran2099

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 沙中清泉 at 2010-1-16 14:47:
这个情况是很奇怪哦,没遇到过,兼并碱基是什么意思

引物中某个位置上有兼并碱基,是指在那个位置上碱基不唯一,可以有变化。
例如:AGTCGACAGYRGCGCCGGC,该引物序列中有2个兼并碱基YR,Y代表C 或T,R代表A或G。
4楼2010-01-16 21:07:04
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