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xiaorong-er

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】引物的Tm值到底以哪个为准

我用oligo6设计出的引物Tm值要比引物公司给的值高很多,在CNBI上BLAST得到的信息其Tm值又是不一样,到底以哪个为准比较好,我基本按引物公司给的Tm值做一个梯度实验,但是有时候却什么也得不到,RNA肯定是没有问题的,因为内参的目的片段可以扩增出来的,是不是引物不行,还是温度设计的不对?还请高手指点。谢谢!
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xiaorong-er at 2010-1-14 21:00:
是新买的试剂,扩内参没有一点问题。我是通过几种动物比对后根据其中一种动物的mRNA来设计的引物,是不是这样不行?但是当初人家说没有问题的,我真的有点困惑了。

找最近缘的种设计引物,同源性最好在90%以上,否则最好比对基因组序列和蛋白质序列设计简并引物,注意简并度尽量不要高于16,用简并引物扩增的时候,引物用量要根据简并度适当增大
18楼2010-01-15 16:24:42
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yzhang1986

铁杆木虫 (文坛精英)

优秀版主

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
梯度都做不出的话,多半引物问题
我们一般自己算tm
2楼2010-01-10 11:43:02
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seahow

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+1,VIP+0): 1-10 12:52
应用 软件 评价以下引物。
3楼2010-01-10 12:01:25
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匿名

用户注销 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
司马诸葛(金币+1,VIP+0): 1-10 16:04
本帖仅楼主可见
5楼2010-01-10 15:01:51
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