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minmin_0082003金虫 (正式写手)
莫愁莫愁
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[交流]
【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的
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我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。这样的话我还是不知道用siesta计算结构时真空层对能量有什么影响 [ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-7 at 17:14 ] |
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4楼2010-01-07 17:17:44
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2楼2010-01-07 16:50:32
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3楼2010-01-07 17:13:09
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恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下： CRYST1 2.884 2.884 20.482 90.00 90.00 120.00 P1 ATOM 1 AU1 MOL 2 -8.157 -8.157 -8.157 1.00 0.00 Au ATOM 2 AU1 MOL 2 -4.078 -4.078 -4.078 1.00 0.00 Au ATOM 3 AU1 MOL 2 0.000 -0.000 0.000 1.00 0.00 Au ATOM 4 AU1 MOL 2 -8.157 -10.196 -10.196 1.00 0.00 Au ATOM 5 AU1 MOL 2 -4.078 -6.117 -6.117 1.00 0.00 Au ATOM 6 AU1 MOL 2 0.000 -2.039 -2.039 1.00 0.00 Au ATOM 7 AU1 MOL 2 -6.117 -6.117 -8.157 1.00 0.00 Au ATOM 8 AU1 MOL 2 -2.039 -2.039 -4.078 1.00 0.00 Au CRYST1 2.884 2.884 20.482 90.00 90.00 120.00 P1 这一行是基矢吗。的确是不同的。这个应该是x y z α β γ 吧 呵呵，我实在是太粗心了。 |
5楼2010-01-07 17:24:41
