应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 732  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的

我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。这样的话我还是不知道用siesta计算结构时真空层对能量有什么影响

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-7 at 17:14 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-01-07 16:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:05
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-6 20:06:
那把这个结构用siesta来计算，根本没什么用处，真空层对计算的结果完全没有影响。真空层是否对能量是一点作用都没有吗？那在MS里面设置真空层干什么

您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2010-01-07 16:50:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2010-1-7 16:50:


您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了

嗯，谢谢，我的意思是，我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-07 17:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hgye

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2010-01-07 17:17:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hgye at 2010-1-7 17:17:
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      2 AU1  MOL     2      -4.078  -4.078  -4.078  1.00  0.00          Au   
ATOM      3 AU1  MOL     2       0.000  -0.000   0.000  1.00  0.00          Au   
ATOM      4 AU1  MOL     2      -8.157 -10.196 -10.196  1.00  0.00          Au   
ATOM      5 AU1  MOL     2      -4.078  -6.117  -6.117  1.00  0.00          Au   
ATOM      6 AU1  MOL     2       0.000  -2.039  -2.039  1.00  0.00          Au   
ATOM      7 AU1  MOL     2      -6.117  -6.117  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      8 AU1  MOL     2      -2.039  -2.039  -4.078  1.00  0.00          Au   

CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
这一行是基矢吗。的确是不同的。这个应该是x y z α β γ 吧
呵呵，我实在是太粗心了。
赞一下 回复此楼
5楼2010-01-07 17:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carlaty

金虫 (正式写手)
我是来看MM签名的
赞一下 回复此楼
6楼2010-01-08 09:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by carlaty at 2010-1-8 09:54:
我是来看MM签名的

我看你是出来打酱油的吧
赞一下 回复此楼
7楼2010-01-08 10:01:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-7 17:24:

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          A ...

你可以用MS里面的Castep---> calculation--->files--->savefiles

然后在你的MS project目录下 有一个与xsd文件同名的文件夹，里面有一个后缀是cell 的隐藏文件，包含了详细的晶矢和原子坐标。
赞一下(11人) 回复此楼
8楼2010-01-08 15:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 minmin_0082003 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +4 电气小神童 2026-04-04 6/300 2026-04-07 00:14 by guanxin1001
[考研] 材料求调剂 +15 一样YWY 2026-04-05 15/750 2026-04-06 22:42 by chenzhimin
[考研] 生物与医药求调剂 +7 heguanhua 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:41 by macy2011
[考研] 生物学求调剂 +5 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-06 11:56 by lijunpoly
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +11 梁富贵险中求 2026-04-04 13/650 2026-04-06 07:24 by houyaoxu
[考研] 22408 总分320，一篇论文二作，两个国三，求调剂 +3 Leomulufu 2026-04-04 5/250 2026-04-05 19:04 by chongya
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +14 袁sy 2026-04-01 14/700 2026-04-05 18:18 by cql1109
[考研] 材料调剂 +9 革微桂 2026-04-04 9/450 2026-04-05 08:27 by 544594351
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 341求调剂 +3 洛多罗 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:36 by 智能智慧
[考研] 301求调剂 +18 骆驼男人 2026-04-02 18/900 2026-04-04 20:33 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 考研调剂 +3 15615482637 2026-04-03 3/150 2026-04-03 22:50 by ms629
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +6 崔wj 2026-04-02 6/300 2026-04-03 10:19 by 蓝云思雨
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[硕博家园] 考研调剂 +5 骆驼男人 2026-04-01 5/250 2026-04-01 14:28 by syjjj0321
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭