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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的

我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。这样的话我还是不知道用siesta计算结构时真空层对能量有什么影响

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-7 at 17:14 ]
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1楼 2010-01-07 16:06:46
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★
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wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:05
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-6 20:06:
那把这个结构用siesta来计算，根本没什么用处，真空层对计算的结果完全没有影响。真空层是否对能量是一点作用都没有吗？那在MS里面设置真空层干什么

您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了
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2楼2010-01-07 16:50:32
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2010-1-7 16:50:


您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了

嗯，谢谢，我的意思是，我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。
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3楼2010-01-07 17:13:09
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hgye

金虫 (小有名气)
★ ★
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wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧
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4楼2010-01-07 17:17:44
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hgye at 2010-1-7 17:17:
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      2 AU1  MOL     2      -4.078  -4.078  -4.078  1.00  0.00          Au   
ATOM      3 AU1  MOL     2       0.000  -0.000   0.000  1.00  0.00          Au   
ATOM      4 AU1  MOL     2      -8.157 -10.196 -10.196  1.00  0.00          Au   
ATOM      5 AU1  MOL     2      -4.078  -6.117  -6.117  1.00  0.00          Au   
ATOM      6 AU1  MOL     2       0.000  -2.039  -2.039  1.00  0.00          Au   
ATOM      7 AU1  MOL     2      -6.117  -6.117  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      8 AU1  MOL     2      -2.039  -2.039  -4.078  1.00  0.00          Au   

CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
这一行是基矢吗。的确是不同的。这个应该是x y z α β γ 吧
呵呵，我实在是太粗心了。
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5楼2010-01-07 17:24:41
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carlaty

金虫 (正式写手)
我是来看MM签名的
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6楼2010-01-08 09:54:43
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minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by carlaty at 2010-1-8 09:54:
我是来看MM签名的

我看你是出来打酱油的吧
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7楼2010-01-08 10:01:41
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fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-7 17:24:

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          A ...

你可以用MS里面的Castep---> calculation--->files--->savefiles

然后在你的MS project目录下 有一个与xsd文件同名的文件夹，里面有一个后缀是cell 的隐藏文件，包含了详细的晶矢和原子坐标。
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8楼2010-01-08 15:35:46
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