应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 731  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的

我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。这样的话我还是不知道用siesta计算结构时真空层对能量有什么影响

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-7 at 17:14 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-01-07 16:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:05
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-6 20:06:
那把这个结构用siesta来计算，根本没什么用处，真空层对计算的结果完全没有影响。真空层是否对能量是一点作用都没有吗？那在MS里面设置真空层干什么

您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2010-01-07 16:50:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2010-1-7 16:50:


您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了

嗯，谢谢，我的意思是，我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-07 17:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hgye

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2010-01-07 17:17:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hgye at 2010-1-7 17:17:
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      2 AU1  MOL     2      -4.078  -4.078  -4.078  1.00  0.00          Au   
ATOM      3 AU1  MOL     2       0.000  -0.000   0.000  1.00  0.00          Au   
ATOM      4 AU1  MOL     2      -8.157 -10.196 -10.196  1.00  0.00          Au   
ATOM      5 AU1  MOL     2      -4.078  -6.117  -6.117  1.00  0.00          Au   
ATOM      6 AU1  MOL     2       0.000  -2.039  -2.039  1.00  0.00          Au   
ATOM      7 AU1  MOL     2      -6.117  -6.117  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      8 AU1  MOL     2      -2.039  -2.039  -4.078  1.00  0.00          Au   

CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
这一行是基矢吗。的确是不同的。这个应该是x y z α β γ 吧
呵呵，我实在是太粗心了。
赞一下 回复此楼
5楼2010-01-07 17:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carlaty

金虫 (正式写手)
我是来看MM签名的
赞一下 回复此楼
6楼2010-01-08 09:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by carlaty at 2010-1-8 09:54:
我是来看MM签名的

我看你是出来打酱油的吧
赞一下 回复此楼
7楼2010-01-08 10:01:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-7 17:24:

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          A ...

你可以用MS里面的Castep---> calculation--->files--->savefiles

然后在你的MS project目录下 有一个与xsd文件同名的文件夹，里面有一个后缀是cell 的隐藏文件，包含了详细的晶矢和原子坐标。
赞一下(11人) 回复此楼
8楼2010-01-08 15:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 minmin_0082003 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 280求调剂 +5 李rien 2026-04-04 5/250 2026-04-06 23:01 by chenzhimin
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +11 大火山小火山 2026-04-05 11/550 2026-04-06 22:55 by yunlongyang
[考研] 284求调剂 +8 梵@@ 2026-04-06 8/400 2026-04-06 20:22 by hangsimei
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
[考研] 348求调剂 +3 车厘子zzz 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:30 by 啵啵啵0119
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +14 袁sy 2026-04-01 14/700 2026-04-05 18:18 by cql1109
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +8 yikeniu 2026-04-01 8/400 2026-04-05 18:15 by cql1109
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 10/500 2026-04-04 23:12 by 无际的草原
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 333求调剂 +9 阿科逸 2026-03-31 9/450 2026-04-04 18:25 by macy2011
[考研] 309求调剂 +4 快乐的小白鸽 2026-04-04 5/250 2026-04-04 15:55 by cql1109
[考研] 0703求调剂 +6 zizimo 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:16 by 无际的草原
[考研] 土木304求调剂 +4 兔突突突， 2026-03-31 4/200 2026-04-04 13:34 by 1753564080
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿深大085601材料工程专业（专硕）300分可以调剂去哪 +8 10160315 2026-04-02 8/400 2026-04-03 09:36 by hypershenger
[考研] 一志愿陕西师范大学生物学317分 +5 1563日。 2026-04-02 5/250 2026-04-03 06:58 by ilovexiaobin
[考研] 材料专业求调剂 +10 月月鸟木 2026-04-01 10/500 2026-04-02 12:57 by wxiongid
[考研] 348环境工程调剂 +3 吴彦祖24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
[考研] 一志愿北交材料工程总分358 +5 cs0106 2026-04-01 7/350 2026-04-01 11:45 by wangjy2002
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭