应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的
81/1返回列表
查看: 824  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁

[交流] 【求助】刚发现用MS建表面时，不论真空层是多少，输出的结构参数是一样的

我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。这样的话我还是不知道用siesta计算结构时真空层对能量有什么影响

[ Last edited by minmin_0082003 on 2010-1-7 at 17:14 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2010-01-07 16:06:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zdhlover

荣誉版主 (职业作家)

小木虫之莲花佛
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:05
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-6 20:06:
那把这个结构用siesta来计算，根本没什么用处，真空层对计算的结果完全没有影响。真空层是否对能量是一点作用都没有吗？那在MS里面设置真空层干什么

您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2010-01-07 16:50:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by zdhlover at 2010-1-7 16:50:


您好，在问问题之前最好先想一下怎么样把你的问题表述清楚。

另外，真空层肯定有用的，当然真空层如果达到一定厚度之后对能量肯定就没影响了

嗯，谢谢，我的意思是，我用MS作图，用siesta软件计算。也就是需要把结构坐标放进siesta中计算，但是问题是我真空层设置的厚度不一样，一个是4angstrom 一个是15angstrom ，输出的结构坐标却是相同的。那用siesta计算的话这两个结果也必然相同啊。
赞一下 回复此楼
3楼2010-01-07 17:13:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hgye

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+1,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2010-01-07 17:17:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by hgye at 2010-1-7 17:17:
问题肯定在你的输出方式，至少输出的基矢应该不一样吧

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      2 AU1  MOL     2      -4.078  -4.078  -4.078  1.00  0.00          Au   
ATOM      3 AU1  MOL     2       0.000  -0.000   0.000  1.00  0.00          Au   
ATOM      4 AU1  MOL     2      -8.157 -10.196 -10.196  1.00  0.00          Au   
ATOM      5 AU1  MOL     2      -4.078  -6.117  -6.117  1.00  0.00          Au   
ATOM      6 AU1  MOL     2       0.000  -2.039  -2.039  1.00  0.00          Au   
ATOM      7 AU1  MOL     2      -6.117  -6.117  -8.157  1.00  0.00          Au   
ATOM      8 AU1  MOL     2      -2.039  -2.039  -4.078  1.00  0.00          Au   

CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
这一行是基矢吗。的确是不同的。这个应该是x y z α β γ 吧
呵呵，我实在是太粗心了。
赞一下 回复此楼
5楼2010-01-07 17:24:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

carlaty

金虫 (正式写手)
我是来看MM签名的
赞一下 回复此楼
6楼2010-01-08 09:54:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

minmin_0082003

金虫 (正式写手)

莫愁莫愁
引用回帖:
Originally posted by carlaty at 2010-1-8 09:54:
我是来看MM签名的

我看你是出来打酱油的吧
赞一下 回复此楼
7楼2010-01-08 10:01:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanchen021

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢 1-9 22:06
引用回帖:
Originally posted by minmin_0082003 at 2010-1-7 17:24:

恩，谢谢提醒，我用的File-export-*.pdb格式，输出文件如下：
CRYST1    2.884    2.884   20.482  90.00  90.00 120.00 P1
ATOM      1 AU1  MOL     2      -8.157  -8.157  -8.157  1.00  0.00          A ...

你可以用MS里面的Castep---> calculation--->files--->savefiles

然后在你的MS project目录下 有一个与xsd文件同名的文件夹，里面有一个后缀是cell 的隐藏文件，包含了详细的晶矢和原子坐标。
赞一下(11人) 回复此楼
8楼2010-01-08 15:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 minmin_0082003 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 18:00 by q1p9ixelzp
[考研] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:45 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:40 by q1p9ixelzp
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 9skg9htng1 2026-06-20 3/150 2026-06-21 17:37 by q1p9ixelzp
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 4/200 2026-06-21 17:25 by ky8v3skvft
[考博] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:20 by ky8v3skvft
[博后之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 6/300 2026-06-21 17:05 by ky8v3skvft
[公派出国] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 17:00 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +5 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:57 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 vlfdw50o0u 2026-06-20 5/250 2026-06-21 16:45 by ky8v3skvft
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 7/350 2026-06-21 16:40 by ky8v3skvft
[论文投稿] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 vlfdw50o0u 2026-06-20 9/450 2026-06-21 16:37 by ky8v3skvft
[基金申请] E0414, 我的本子有没有希望？ +7 布布和一二 2026-06-17 8/400 2026-06-21 15:44 by lwliwei1989
[基金申请] 青A35岁以下通知答辩了吗 +3 暨阳一只柴 2026-06-17 3/150 2026-06-21 09:39 by kudofaye
[考博] 【全奖博士/科研助理/博后招生】新加坡南洋理工大学机械与航空航天学院 +3 robohaha 2026-06-15 4/200 2026-06-21 00:36 by lanbing1
[文学芳草园] 有谁可曾问过你过的还好吗？ +13 myrtle 2026-06-14 22/1100 2026-06-20 23:50 by 波澜任欢
[硕博家园] 一篇论文同时出现在两个期刊，一模一样，这算不算学术不端，请各位老师斧正。 +11 mahl005 2026-06-14 12/600 2026-06-18 17:01 by 770904134
[基金申请] 希望面上有个好结果 +7 碧水00 2026-06-16 7/350 2026-06-18 12:18 by wuke100666
[论文投稿] 三区计算机方向期刊推荐 +5 1457340941 2026-06-15 5/250 2026-06-17 13:16 by 会议编辑
[论文投稿] sci论文二审求助 +5 潘倍倍 2026-06-15 5/250 2026-06-16 10:15 by xs74101122
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭