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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟，在windows下，用namd能做吗
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kingoddess

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟，在windows下，用namd能做吗

请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟，最好用什么软件好呀，是autodock吗？

我是要用自己的电脑做，windows下，不会linux
用namd和vmd可以吗？

我看有autodock能做这方面分子对接，但好像是要学linux

有没有人在windows下用namd和vmd做这个呀，能介绍一下经验，谈谈感受吗？

[ Last edited by kingoddess on 2009-12-26 at 13:55 ]
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1楼 2009-12-25 20:52:14
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-25 16:57
最好还是用linux吧
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2楼2009-12-25 21:24:49
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kingoddess

金虫 (正式写手)
我不会用linux，现有条件下用什么能做呀？
完全新手，
希望懂这方面的人能详细讲解一下
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3楼2009-12-25 21:54:14
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zeoliters

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
kingoddess(金币+1,VIP+0):谢谢参与，身边没有人用这个，更没有人教，郁闷 12-26 13:53
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-27 19:53
学linux不难，建议你还是学一下，很多软件都是在linux下的，因为linux下计算的效率高啊。
刚开始的时候可以找一个会的师兄师姐帮帮你，以后慢慢就会了。
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4楼2009-12-25 23:59:52
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-27 19:53
NAMD和VMD可以在windows下用啊
安装非常简单，建议你去NAMD的主页上下载教程看。
google一下就有了，置顶的NAMD专贴里面的资料也非常详尽，版主很热情的。
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5楼2009-12-27 19:47:52
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javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-27 21:56
kingoddess(金币+1,VIP+0):网页很好，谢谢你拉 12-27 22:35
please see:
http://www.mdbbs.org/thread-21595-1-1.html
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6楼2009-12-27 21:04:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-14 13:00
其实做对接，完全可以用Autodock，这个在Windows下可以安装的，至于NAMD和VMD主要拿来作动力学，不过Autodock在Win下运行不快就是了，不过如果你不是用来虚拟筛选，那个速度还是足够的，我一个含有400多氨基酸残基的蛋白对接一个小分子大概3个小时左右，我用的是很普通的笔记本电脑。。神舟F233R。。。汗，估计所有做计算的都比我的电脑好~
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7楼2010-03-14 10:28:19
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):呵呵，谢谢，神舟有时还是很强大的。 2010-03-15 08:37
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-03-14 10:28:19:
其实做对接，完全可以用Autodock，这个在Windows下可以安装的，至于NAMD和VMD主要拿来作动力学，不过Autodock在Win下运行不快就是了，不过如果你不是用来虚拟筛选，那个速度还是足够的，我一个含有400多氨基酸残基 ...

不要小看神舟额。。。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
8楼2010-03-14 23:39:05
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-15 11:01
其实做计算，还是推荐使用Linux，效率高出很多来
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9楼2010-03-15 08:36:44
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-03-15 08:36:44:
其实做计算，还是推荐使用Linux，效率高出很多来

呵呵，一直没用过Linux.很多人都推荐用，毕竟Window下运行很多计算软件真的很慢~呵呵
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10楼2010-03-15 09:15:30
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