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kingoddess

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟,在windows下,用namd能做吗

请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟,最好用什么软件好呀,是autodock吗?

我是要用自己的电脑做,windows下,不会linux
用namd和vmd可以吗?

我看有autodock能做这方面分子对接,但好像是要学linux

有没有人在windows下用namd和vmd做这个呀,能介绍一下经验,谈谈感受吗?

[ Last edited by kingoddess on 2009-12-26 at 13:55 ]
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)


zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流! 12-25 16:57
最好还是用linux吧
2楼2009-12-25 21:24:49
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kingoddess

金虫 (正式写手)

我不会用linux,现有条件下用什么能做呀?
完全新手,
希望懂这方面的人能详细讲解一下
3楼2009-12-25 21:54:14
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zeoliters

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
kingoddess(金币+1,VIP+0):谢谢参与,身边没有人用这个,更没有人教,郁闷 12-26 13:53
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-27 19:53
学linux不难,建议你还是学一下,很多软件都是在linux下的,因为linux下计算的效率高啊。
刚开始的时候可以找一个会的师兄师姐帮帮你,以后慢慢就会了。
4楼2009-12-25 23:59:52
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 12-27 19:53
NAMD和VMD可以在windows下用啊
安装非常简单,建议你去NAMD的主页上下载教程看。
google一下就有了,置顶的NAMD专贴里面的资料也非常详尽,版主很热情的。
5楼2009-12-27 19:47:52
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javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-27 21:56
kingoddess(金币+1,VIP+0):网页很好,谢谢你拉 12-27 22:35
6楼2009-12-27 21:04:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-14 13:00
其实做对接,完全可以用Autodock,这个在Windows下可以安装的,至于NAMD和VMD主要拿来作动力学,不过Autodock在Win下运行不快就是了,不过如果你不是用来虚拟筛选,那个速度还是足够的,我一个含有400多氨基酸残基的蛋白对接一个小分子大概3个小时左右,我用的是很普通的笔记本电脑。。神舟F233R。。。汗,估计所有做计算的都比我的电脑好~
7楼2010-03-14 10:28:19
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)


ghcacj(金币+1):呵呵,谢谢,神舟有时还是很强大的。 2010-03-15 08:37
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-03-14 10:28:19:
其实做对接,完全可以用Autodock,这个在Windows下可以安装的,至于NAMD和VMD主要拿来作动力学,不过Autodock在Win下运行不快就是了,不过如果你不是用来虚拟筛选,那个速度还是足够的,我一个含有400多氨基酸残基 ...

不要小看神舟额。。。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
8楼2010-03-14 23:39:05
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-03-15 11:01
其实做计算,还是推荐使用Linux,效率高出很多来
9楼2010-03-15 08:36:44
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-03-15 08:36:44:
其实做计算,还是推荐使用Linux,效率高出很多来

呵呵,一直没用过Linux.很多人都推荐用,毕竟Window下运行很多计算软件真的很慢~呵呵
10楼2010-03-15 09:15:30
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