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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问做受体蛋白质与小分子配体的模拟，在windows下，用namd能做吗
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

优秀版主
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-03-15 11:01
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-03-15 09:15:30:

呵呵，一直没用过Linux.很多人都推荐用，毕竟Window下运行很多计算软件真的很慢~呵呵

呵呵，不要害怕Linux，我刚开始时也不愿意换，觉得Windows毕竟好用，慢就慢点吧，可是很多程序对Linux的支持更好，而且运行起来速度不是一个层次上的，所以还是推荐在Linux下计算。
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11楼2010-03-15 09:29:29
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-15 11:01
研究蛋白和小分子作用有两种方法
dock和MD, 前者速度快, 后者精度高
而namd 仅能MD
如果计算资源不够, 要处理的小分子又多的话, 还是不要考虑namd 了

至于linux, 我觉得如果经费允许, 还是花几千块钱配个台式机吧, 显示器的不要
namd和vmd在linux 和windows 上面的操作方法几乎没有差别, 但速度快的多
任务就在那上面算, 效率会高很多

[ Last edited by bay__gulf on 2010-3-15 at 10:21 ]
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12楼2010-03-15 10:18:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by ghcacj at 2010-03-15 09:29:29:

呵呵，不要害怕Linux，我刚开始时也不愿意换，觉得Windows毕竟好用，慢就慢点吧，可是很多程序对Linux的支持更好，而且运行起来速度不是一个层次上的，所以还是推荐在Linux下计算。

恩恩，可以考虑尝试一下啊了~我看Gromacs,Autodock什么的貌似在Linux下都能运行，这几天花了一点时间找到了Gromacs的Win版，貌似速度还行~呵呵,以前用VMD500ps要跑七天~我的烂电脑啊~哈哈
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13楼2010-03-15 15:59:45
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