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xiangyuan7816

[交流] 【求助/交流】8kb的片段连接之后却变成了6kb左右!

片段太大,几次都没连上载体,最后用一种无奈的方法,将片段连到pmd18-t上,这个载体大小为2692kb,一般连5kb之下的片段比较容易成功,这次连接之后,竟然长出了一个菌斑,挑取之后用这个基因的两端酶切之后应该是8.3kb的片段,但跑胶之后发现片段却是6kb左右,本来有图片,但不知道怎么上传,请高手指教!
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xiangyuan7816

★ ★
amisking(金币+2,VIP+0):欢迎上图! 12-17 08:37
用的Marker的带依次为:23130bp、9416bp、6557bp、4361bp、2322bp、2027bp、564bp
2楼2009-12-16 12:36:24
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 12-17 08:37
曾经我连接一段2KB的DNA转化大肠杆菌,结果出来好几种连接情况的,比正确片段大的小的都有。如果连接的是完整的一个酶基因就可以用活性筛选出来,但我连接的是基因的片段,最后只能挑选了一种连接正确的去测序,序列比对结果跟预想中一致。至于为什么,我也不知道。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
3楼2009-12-16 13:04:47
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶

曾经试过连接基因的,单酶切口,结果有的载体连接上两个拷贝基因,就比原来预想中的大了两倍,估计也是连接得很乱的,但是有活性就好筛选了。
流星来时我许了个愿,愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具,久不看论坛一来就提问者,宁弃EPI和VIP也不回帖。
4楼2009-12-16 13:07:49
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xiangyuan7816

引用回帖:
Originally posted by 冼亮淀粉酶 at 2009-12-16 13:07:
曾经试过连接基因的,单酶切口,结果有的载体连接上两个拷贝基因,就比原来预想中的大了两倍,估计也是连接得很乱的,但是有活性就好筛选了。

我连接的是酶,请问用活性怎么筛选啊?

[ Last edited by xiangyuan7816 on 2009-12-16 at 13:27 ]
5楼2009-12-16 13:25:11
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忘记将来

木虫 (正式写手)


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看看选的酶是不是有问题,目的片段上有没有该酶切位点呢。
6楼2009-12-16 13:51:25
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xiangyuan7816

引用回帖:
Originally posted by 忘记将来 at 2009-12-16 13:51:
看看选的酶是不是有问题,目的片段上有没有该酶切位点呢。

应该不是吧,我反复验证过的,我用的酶在我的那个片段里是没有的。还有什么可能使那个片段变小呢?
7楼2009-12-16 14:34:01
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apple-z

银虫 (小有名气)

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 12-17 08:37
不知道你连接的片段是酶切的产物还是PCR的产物,如果是PCR产物有没有PCR后跑胶鉴定,如果没有的话,就有可能是PCR除了问题。比如由于你片段自身的原因,很容易与引物发生非特异性结合,造成部分碱基的丢失。
8楼2009-12-16 22:54:51
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liyong1981

金虫 (正式写手)



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很怀疑你扩的片度的真实度,呵呵,
9楼2009-12-17 08:27:43
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xiangyuan7816

引用回帖:
Originally posted by apple-z at 2009-12-16 22:54:
不知道你连接的片段是酶切的产物还是PCR的产物,如果是PCR产物有没有PCR后跑胶鉴定,如果没有的话,就有可能是PCR除了问题。比如由于你片段自身的原因,很容易与引物发生非特异性结合,造成部分碱基的丢失。

我连接的片段是PCR产物,因为是连接到T载体上,所以可以直接连。本来之前的打算是片段太大,直接连到表达载体上,但没有成功,所以又回过头来按照一般的构建方法,先连T载体,再连表达载体。我PCR产物跑胶确定是8Kb左右,这个酶切之后却变成了6kb左右,确实想不明白是怎么回事,今天我用质粒进行了PCR扩那个8Kb的片段。
10楼2009-12-17 14:01:08
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