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yf-deng

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】6碱基的低频内切酶和4碱基高频内切酶酶切条件之差异?

要疯了,做AFLP选则6碱基的低频内切酶(HindIII-A/AGCTT,EcoRI-GAATT/C,PstI-CTGCA/G)老是切不动(至少无明显的酶切迹象),
而4碱基的高频内切酶(TaqI-T/CGA,MseI-T/TAA)则能切的很好,不知道大家有何高见?难道是6碱基低频内切酶对DNA的质量要求非常高(杂质污染要求高)?
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pal2004

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
对呀,你的DNA很可能完整度不好。
3楼2009-12-16 09:53:44
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yf-deng

金虫 (正式写手)

这是另一个酶切结果
2楼2009-12-16 09:21:46
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yf-deng

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by pal2004 at 2009-12-16 09:53:
对呀,你的DNA很可能完整度不好。

何以见得呢?谢谢您的回复!
4楼2009-12-16 10:31:01
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pal2004

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
理论上,4碱基识别位点在基因组中出现的概率是6碱基识别位点的16倍,也就是说,如果DNA完整度不好,各DNA片段中出现4碱基识别位点的概率比6碱基出现的概率大至少一个数量级。所以有可能DNA片段中已没有你用的6碱基酶的完整识别位点了,4碱基识别位点可能还在。
6楼2009-12-18 09:45:49
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