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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xppcomeon

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[交流] 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子

为什么从网上下载的PDB文件，会存在“不完全incompete ”和“不合法invalid”的氨基酸残基和原子？在docking之前，补全和修复这些残基和原子有什么意义？
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1楼 2009-12-15 21:27:44
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-12-16 06:45:16
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xppcomeon

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Originally posted by tjegg at 2009-12-16 06:45:
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。

修正补全这些氨基酸的时候有什么规律吗？不是任意的吧
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3楼2009-12-16 08:48:44
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z6242948

木虫 (小有名气)
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
基本上都是用模拟软件自动修补
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4楼2009-12-16 09:55:30
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xppcomeon

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Originally posted by z6242948 at 2009-12-16 09:55:
基本上都是用模拟软件自动修补

如果是自动修补，这种修补的依据一般是怎样的？
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5楼2009-12-16 11:33:30
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iconsdkxq7

银虫 (小有名气)
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:47
看离口袋的远近吧，在口袋附近的话要补全，远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。
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6楼2009-12-16 12:09:45
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xppcomeon

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Originally posted by iconsdkxq7 at 2009-12-16 12:09:
看离口袋的远近吧，在口袋附近的话要补全，远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。

还是不知道补全的依据原理是什么？
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7楼2009-12-16 14:17:49
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javacfish

金虫 (小有名气)
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 欢迎上任 12-16 17:25
基本的补全的原理是
H2N.....--C=O
               ！
            HN----.........

就是加氨基酸，并调整键长键角。。。。，建议用DeepView做，或者DS做

看你的需要了，就像楼上说的一样，如果没有必要，不做动力学模拟，在残基的末端，就不需要补了

[ Last edited by javacfish on 2009-12-16 at 16:59 ]
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8楼2009-12-16 16:58:18
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xppcomeon

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还想问一下，这些残缺的氨基酸，是指晶体学结构一级结构序列中不能确定的氨基酸残基吗？如果是，那么是不是还用软件考量计算补上一些氨基酸残基？如果不是，那么是不是所谓修正过程，只是肽链上局部的二级结构的修整呢？
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9楼2009-12-17 15:59:30
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jacktzhang

铜虫 (小有名气)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-4 16:19
不是指一级结构序列不能确定，是指3D结构中的missing。
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10楼2010-01-04 15:32:25
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