24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1237  |  回复: 11
当前主题已经存档。

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么PDB文件,会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子

为什么从网上下载的PDB文件,会存在“不完全incompete ”和“不合法invalid”的氨基酸残基和原子?在docking之前,补全和修复这些残基和原子有什么意义?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Deepview

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
很正常,有些基团分辨率不够,需要补全,因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2009-12-16 06:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-12-16 06:45:
很正常,有些基团分辨率不够,需要补全,因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。

修正补全这些氨基酸的时候有什么规律吗?不是任意的吧
3楼2009-12-16 08:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

z6242948

木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
基本上都是用模拟软件自动修补
4楼2009-12-16 09:55:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by z6242948 at 2009-12-16 09:55:
基本上都是用模拟软件自动修补

如果是自动修补,这种修补的依据一般是怎样的?
5楼2009-12-16 11:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iconsdkxq7

银虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:47
看离口袋的远近吧,在口袋附近的话要补全,远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。
6楼2009-12-16 12:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by iconsdkxq7 at 2009-12-16 12:09:
看离口袋的远近吧,在口袋附近的话要补全,远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。

还是不知道补全的依据原理是什么?
7楼2009-12-16 14:17:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 欢迎上任 12-16 17:25
基本的补全的原理是
H2N.....--C=O
               !
            HN----.........

就是加氨基酸,并调整键长键角。。。。,建议用DeepView做,或者DS做

看你的需要了,就像楼上说的一样,如果没有必要,不做动力学模拟,在残基的末端,就不需要补了

[ Last edited by javacfish on 2009-12-16 at 16:59 ]
8楼2009-12-16 16:58:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

还想问一下,这些残缺的氨基酸,是指晶体学结构一级结构序列中不能确定的氨基酸残基吗?如果是,那么是不是还用软件考量计算补上一些氨基酸残基?如果不是,那么是不是所谓修正过程,只是肽链上局部的二级结构的修整呢?
9楼2009-12-17 15:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jacktzhang

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-4 16:19
不是指一级结构序列不能确定,是指3D结构中的missing。
10楼2010-01-04 15:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见