应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
121/2返回列表12下一页
查看: 1343  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子

为什么从网上下载的PDB文件，会存在“不完全incompete ”和“不合法invalid”的氨基酸残基和原子？在docking之前，补全和修复这些残基和原子有什么意义？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Deepview

» 猜你喜欢
1楼 2009-12-15 21:27:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-12-16 06:45:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-12-16 06:45:
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。

修正补全这些氨基酸的时候有什么规律吗？不是任意的吧
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-16 08:48:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

z6242948

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
基本上都是用模拟软件自动修补
赞一下(11人) 回复此楼
4楼2009-12-16 09:55:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by z6242948 at 2009-12-16 09:55:
基本上都是用模拟软件自动修补

如果是自动修补，这种修补的依据一般是怎样的？
赞一下 回复此楼
5楼2009-12-16 11:33:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iconsdkxq7

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:47
看离口袋的远近吧，在口袋附近的话要补全，远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-12-16 12:09:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by iconsdkxq7 at 2009-12-16 12:09:
看离口袋的远近吧，在口袋附近的话要补全，远离口袋的如果不做动力学就可以不用补了。

还是不知道补全的依据原理是什么？
赞一下 回复此楼
7楼2009-12-16 14:17:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 欢迎上任 12-16 17:25
基本的补全的原理是
H2N.....--C=O
               ！
            HN----.........

就是加氨基酸，并调整键长键角。。。。，建议用DeepView做，或者DS做

看你的需要了，就像楼上说的一样，如果没有必要，不做动力学模拟，在残基的末端，就不需要补了

[ Last edited by javacfish on 2009-12-16 at 16:59 ]
赞一下(11人) 回复此楼
8楼2009-12-16 16:58:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
还想问一下，这些残缺的氨基酸，是指晶体学结构一级结构序列中不能确定的氨基酸残基吗？如果是，那么是不是还用软件考量计算补上一些氨基酸残基？如果不是，那么是不是所谓修正过程，只是肽链上局部的二级结构的修整呢？
赞一下 回复此楼
9楼2009-12-17 15:59:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jacktzhang

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-4 16:19
不是指一级结构序列不能确定，是指3D结构中的missing。
赞一下(11人) 回复此楼
10楼2010-01-04 15:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-04 10/500 2026-04-06 12:02 by AZMK
[考研] 297分083200求助 +8 aekx 2026-04-05 8/400 2026-04-06 10:35 by imissbao
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 080200学硕，277分，数一104，求带走！ +7 瓶子PZ 2026-03-31 7/350 2026-04-05 17:49 by liucky
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:15 by 544594351
[考研] 材料求调剂 +10 呢呢妮妮 2026-04-01 10/500 2026-04-04 23:12 by 无际的草原
[考研] 338求调剂 +7 晟功? 2026-04-03 7/350 2026-04-04 20:37 by 蓝云思雨
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 。 +5 雾与海 2026-04-02 6/300 2026-04-04 19:53 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 求材料调剂，一志愿郑州大学289分 +15 硕星赴 2026-04-03 15/750 2026-04-04 01:01 by userper
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 283求调剂 +3 jiouuu 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:28 by jiouuu
[考研] 316求调剂 +14 舟自梗 2026-04-01 18/900 2026-04-03 10:28 by linyelide
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 085600，321分求调剂 +13 大馋小子 2026-03-31 13/650 2026-04-01 12:35 by chemdavid
[考研] 080500-315分复试调剂 +9 上岸3821 2026-03-31 9/450 2026-03-31 17:29 by 唐沐儿
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭