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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么PDB文件,会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子

为什么从网上下载的PDB文件,会存在“不完全incompete ”和“不合法invalid”的氨基酸残基和原子?在docking之前,补全和修复这些残基和原子有什么意义?
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jacktzhang

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-4 16:19
不是指一级结构序列不能确定,是指3D结构中的missing。
10楼2010-01-04 15:32:25
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
很正常,有些基团分辨率不够,需要补全,因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
2楼2009-12-16 06:45:16
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-12-16 06:45:
很正常,有些基团分辨率不够,需要补全,因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。

修正补全这些氨基酸的时候有什么规律吗?不是任意的吧
3楼2009-12-16 08:48:44
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z6242948

木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
基本上都是用模拟软件自动修补
4楼2009-12-16 09:55:30
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