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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】为什么PDB文件，会存在“incompete ”和“invalid”的氨基酸残基和原子

为什么从网上下载的PDB文件，会存在“不完全incompete ”和“不合法invalid”的氨基酸残基和原子？在docking之前，补全和修复这些残基和原子有什么意义？
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1楼 2009-12-15 21:27:44
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
还想问一下，这些残缺的氨基酸，是指晶体学结构一级结构序列中不能确定的氨基酸残基吗？如果是，那么是不是还用软件考量计算补上一些氨基酸残基？如果不是，那么是不是所谓修正过程，只是肽链上局部的二级结构的修整呢？
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9楼2009-12-17 15:59:30
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
2楼2009-12-16 06:45:16
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-12-16 06:45:
很正常，有些基团分辨率不够，需要补全，因此尽量找好的晶体结构。dock前必须要修正好。

修正补全这些氨基酸的时候有什么规律吗？不是任意的吧
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-16 08:48:44
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z6242948

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:46
基本上都是用模拟软件自动修补
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4楼2009-12-16 09:55:30
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