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runxiaoli木虫 (正式写手)
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[交流]
【求助/交流】关于3'RACE的很奇怪的现象,求助大家乐
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各位同仁: 你们好。 最近我在做3‘race。可是遇到的问题让我觉得很奇怪。 我已经拿到了中间片段,设计了4个上游引物来进行pcr,都跑出带了,送出去测序,也都扩到了polyA,可是blast还不是我要的基因。我想问一下这是什么原因。是不是和我换了模板有关系,第一次做的时候,用的是SA处理后的模板,第二次用的则是NACL处理的,但是做中间片段的时候,跑出的带是一致的。 很奇怪出现这个问题,不知道各位同仁有什么好的建议没有。 希望大家给我出谋划策,不胜感激。 祝大家快乐,身体健康,一切顺利。 |
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hugang2004_2000
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runxiaoli(金币+2,VIP+0):非常感谢 12-15 11:40
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runxiaoli(金币+2,VIP+0):非常感谢 12-15 11:40
runxiaoli(金币+1,VIP+0): 12-15 11:40
| 我觉得,既然你可以扩增出来其他基因的Poly A,而且你的中间片段也是从这个cDNA中扩增出来的,所以,你的cDNA应该是可以用的,没有必要再重新合成cDNA,毕竟试剂盒价格也是很可观的。19个碱基是可以进行pcr,但是在race里还是太短了,如果重新设计引物,增加引物长度,先设计两个引物就可以了,分别跟接头引物1,2做1st, 2edPCR,我觉得看那时候的结果如何吧,结果不好了也不用着急着和成新cDNA,再找找原因看。那个blast看特异性的方法很简单,把你的引物序列(每次一个)放到blastx就行了,看看检索出来的结果里有没有你要的基因,既然你扩增出来了其他基因,那么可能这些其他基因是在你的blastx结果里的。呵呵 |
11楼2009-12-15 11:23:09
runxiaoli
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won7
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4楼2009-12-14 22:54:00













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