应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs中如何得到Coul-LR项？
61/1返回列表
查看: 785  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】Gromacs中如何得到Coul-LR项？

我的“蛋白质-配体”复合物在水溶液中模拟，静电力采用PME方法计算，我现在想得到“蛋白质”与“配体”间的总的静电作用力，可是只有Coul-SR项，Coul-LR项如何得到？

谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-12-07 11:16:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annkon

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:18
rerun 记得在mdp文件中energygrps明确你要的两个组 g_energy 后我记得有你想要的能量
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-12-12 20:09:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:18
用rerun，把cutoff调大一些，关掉PME，应该就能得到库仑作用了。为了加快计算速度还可以exclude掉一些蛋白-溶剂以及配体-溶剂作用，在mdp里设置一下。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-12-12 20:43:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009/12/12 20:43:
用rerun，把cutoff调大一些，关掉PME，应该就能得到库仑作用了。为了加快计算速度还可以exclude掉一些蛋白-溶剂以及配体-溶剂作用，在mdp里设置一下。

感谢兄弟解答，是不是用PME的方法就是得不到coul-LR项？
可是我看文献上他们都是用PME方法来计算静电能
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
4楼2009-12-12 22:52:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:19
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-12-12 22:52:

感谢兄弟解答，是不是用PME的方法就是得不到coul-LR项？
可是我看文献上他们都是用PME方法来计算静电能

PME计算静电相互作用是ok的，因为计算速度快，适合大规模的MD模拟。但是我觉得没有办法从PME中提取出某两个组分的相互作用，因为PME不像short-range计算中两两相加。
赞一下(11人) 回复此楼
5楼2009-12-13 06:53:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009/12/13 06:53:


PME计算静电相互作用是ok的，因为计算速度快，适合大规模的MD模拟。但是我觉得没有办法从PME中提取出某两个组分的相互作用，因为PME不像short-range计算中两两相加。

谢谢兄弟的解答，明白了！
赞一下 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
6楼2009-12-13 23:18:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭