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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Gromacs中如何得到Coul-LR项？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】Gromacs中如何得到Coul-LR项？

我的“蛋白质-配体”复合物在水溶液中模拟，静电力采用PME方法计算，我现在想得到“蛋白质”与“配体”间的总的静电作用力，可是只有Coul-SR项，Coul-LR项如何得到？

谢谢！
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼2009-12-07 11:16:06
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annkon

铜虫 (初入文坛)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:18
rerun 记得在mdp文件中energygrps明确你要的两个组 g_energy 后我记得有你想要的能量
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2楼2009-12-12 20:09:41
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:18
用rerun，把cutoff调大一些，关掉PME，应该就能得到库仑作用了。为了加快计算速度还可以exclude掉一些蛋白-溶剂以及配体-溶剂作用，在mdp里设置一下。
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3楼2009-12-12 20:43:28
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009/12/12 20:43:
用rerun，把cutoff调大一些，关掉PME，应该就能得到库仑作用了。为了加快计算速度还可以exclude掉一些蛋白-溶剂以及配体-溶剂作用，在mdp里设置一下。

感谢兄弟解答，是不是用PME的方法就是得不到coul-LR项？
可是我看文献上他们都是用PME方法来计算静电能
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4楼2009-12-12 22:52:27
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:19
引用回帖:
Originally posted by gwdavid at 2009-12-12 22:52:

感谢兄弟解答，是不是用PME的方法就是得不到coul-LR项？
可是我看文献上他们都是用PME方法来计算静电能

PME计算静电相互作用是ok的，因为计算速度快，适合大规模的MD模拟。但是我觉得没有办法从PME中提取出某两个组分的相互作用，因为PME不像short-range计算中两两相加。
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5楼2009-12-13 06:53:21
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009/12/13 06:53:


PME计算静电相互作用是ok的，因为计算速度快，适合大规模的MD模拟。但是我觉得没有办法从PME中提取出某两个组分的相互作用，因为PME不像short-range计算中两两相加。

谢谢兄弟的解答，明白了！
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6楼2009-12-13 23:18:52
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