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木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】Gromacs中如何得到Coul-LR项？

我的“蛋白质-配体”复合物在水溶液中模拟，静电力采用PME方法计算，我现在想得到“蛋白质”与“配体”间的总的静电作用力，可是只有Coul-SR项，Coul-LR项如何得到？

谢谢！

个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

1楼 2009-12-07 11:16:06

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金虫 (正式写手)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:18

用rerun，把cutoff调大一些，关掉PME，应该就能得到库仑作用了。为了加快计算速度还可以exclude掉一些蛋白-溶剂以及配体-溶剂作用，在mdp里设置一下。

3楼2009-12-12 20:43:28

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金虫 (正式写手)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-16 14:19

引用回帖:

Originally posted by gwdavid at 2009-12-12 22:52:

感谢兄弟解答，是不是用PME的方法就是得不到coul-LR项？
可是我看文献上他们都是用PME方法来计算静电能

PME计算静电相互作用是ok的，因为计算速度快，适合大规模的MD模拟。但是我觉得没有办法从PME中提取出某两个组分的相互作用，因为PME不像short-range计算中两两相加。

5楼2009-12-13 06:53:21

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