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rainbow001

木虫 (小有名气)

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[交流] 【讨论】关于用GOLD软件选结合位点

用GOLD软件时，我选择从一个原子来确定一个结合位点，可是打分函数打出的分值很低，才四十多分，这让我很郁闷。有谁能说说有没有更好的选择结合位点的方法？还是我哪里有什么问题？万望各位能指点......

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加油加油

1楼 2009-11-25 17:03:27

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

一步一步

木虫 (著名写手)

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★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
javacfish(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-30 09:44

呵呵，在补充一下，在楼上的基础上，可以用Sybyl中的SiteID寻找活性口袋。它会告诉你可能的活性口袋有哪几个。然后在文献的基础上可以排除。
不过我的挺有意思的，模型加氢和加电荷之前找到了三个可能的活性口袋，加氢和加电荷之后就只剩下一个了，标记氨基酸残基之后发现文献中报道的活性位点几乎都在。
楼主如果还不确定活性口袋的话，可以试试这种方法。
但是即使找到活性位点，没有已知复合物的话，用Gold对接还是得再考虑楼主最初提到的问题。如果楼主的问题解决了，一定要说说方法啊。