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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】关于用GOLD软件选结合位点
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rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】关于用GOLD软件选结合位点

用GOLD软件时，我选择从一个原子来确定一个结合位点，可是打分函数打出的分值很低，才四十多分，这让我很郁闷。有谁能说说有没有更好的选择结合位点的方法？还是我哪里有什么问题？万望各位能指点......
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加油加油
1楼 2009-11-25 17:03:27
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一步一步

木虫 (著名写手)
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javacfish(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-29 22:44
我也遇到相同的问题。我的蛋白质模型是同源建模得到的，没有已知配体的复合物，所以只有采用选择一个原子来确定结合位点的方法。
Gold总共有四种确定结合位点的方法。
1、是根据点坐标
2、是一个原子
3、是氨基酸残基
4、选择已知的配体来确定结合位点
如果楼主有已知蛋白质复合物的话。还是选择4比较好。
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2楼2009-11-29 21:41:18
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javacfish

金虫 (小有名气)
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bay__gulf(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-30 08:39
选择结合位点，强烈建议先查文献，那些是活性位点，然后保留之，
最后在做选择口袋的优化。

同时你有必要分析一下，口袋的静电，疏水等性质。
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3楼2009-11-29 22:43:13
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一步一步

木虫 (著名写手)
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javacfish(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-30 09:44
呵呵，在补充一下，在楼上的基础上，可以用Sybyl中的SiteID寻找活性口袋。它会告诉你可能的活性口袋有哪几个。然后在文献的基础上可以排除。
不过我的挺有意思的，模型加氢和加电荷之前找到了三个可能的活性口袋，加氢和加电荷之后就只剩下一个了，标记氨基酸残基之后发现文献中报道的活性位点几乎都在。
楼主如果还不确定活性口袋的话，可以试试这种方法。
但是即使找到活性位点，没有已知复合物的话，用Gold对接还是得再考虑楼主最初提到的问题。如果楼主的问题解决了，一定要说说方法啊。
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4楼2009-11-30 08:54:28
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