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rainbow001木虫 (小有名气)
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[交流]
【讨论】关于用GOLD软件选结合位点
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| 用GOLD软件时，我选择从一个原子来确定一个结合位点，可是打分函数打出的分值很低，才四十多分，这让我很郁闷。有谁能说说有没有更好的选择结合位点的方法？还是我哪里有什么问题？万望各位能指点...... |
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2楼2009-11-29 21:41:18
javacfish
金虫 (小有名气)
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3楼2009-11-29 22:43:13
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javacfish(金币+1,VIP+0):鼓励交流 11-30 09:44
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呵呵，在补充一下，在楼上的基础上，可以用Sybyl中的SiteID寻找活性口袋。它会告诉你可能的活性口袋有哪几个。然后在文献的基础上可以排除。 不过我的挺有意思的，模型加氢和加电荷之前找到了三个可能的活性口袋，加氢和加电荷之后就只剩下一个了，标记氨基酸残基之后发现文献中报道的活性位点几乎都在。 楼主如果还不确定活性口袋的话，可以试试这种方法。 但是即使找到活性位点，没有已知复合物的话，用Gold对接还是得再考虑楼主最初提到的问题。如果楼主的问题解决了，一定要说说方法啊。 |
4楼2009-11-30 08:54:28
